1. 核心结论：当民间借贷纠纷中原告代理人主张的借款金额与被告实际收到的转账金额不符时，法院通常会以实际转账金额作为认定借款本金的主要依据，但具体认定需结合证据链完整性、双方交易习惯及是否存在利息预扣等因素综合判断。

2. 法律依据与分析逻辑：

   • 《民法典》第679条明确规定，自然人之间的借款合同自贷款人提供借款时成立。若实际交付金额低于借据金额，超出部分因未形成借贷事实而不受法律保护。例如，借据载明50万元但仅转账48万元，原告需证明剩余2万元已通过现金交付，否则法院仅认可48万元为本金。
   • 举证责任分配：原告主张按借据金额认定需提供足额交付证据（如现金取款记录、被告签收的收条）；被告主张按转账金额认定则需提供银行流水、聊天记录等反驳证据。若双方均无直接证据，法院可能结合交易习惯（如过往小额现金交付记录）综合判断。
   • 司法实践倾向：
     • 案例1：借据50万元，转账48万元，原告称2万元为现金支付但无取款凭证，法院判决以48万元为准。
     • 案例2：借据100万元，分三笔转账共95万元，剩余5万元约定为利息预扣，法院认定本金为95万元。

3. 关键影响因素：

   • 支付方式差异：转账记录因可追溯性强，通常优先于现金交付的口头陈述被采信。
   • 利息预扣情况：若借据金额包含预扣利息，法院会从本金中扣除该部分。例如，借据10万元但实际转账9万元，1万元为利息，本金仅认定为9万元。
   • 当事人陈述一致性：双方对金额差异的解释是否合理（如是否承认利息预扣、是否承认部分现金交付）直接影响法院认定。
   • 交易习惯：若双方过往存在类似差额交易模式（如多次借款均预扣利息），法院可能参考该习惯认定本金。

4. 风险防范建议：

   • 出借人：
     • 优先选择银行转账并备注“借款”，避免现金交付；
     • 现金交付时要求借款人签署收条并留存取款凭证；
     • 避免在借据中虚增金额掩盖高息，否则可能被认定为“职业放贷”导致合同无效。
   • 借款人：
     • 要求出借人按借据金额全额转账，或书面确认实际收款额；
     • 发现金额不符时立即提出异议并留存证据（如聊天记录、录音）；
     • 还款时保留凭证，防止出借人重复索债。

5. 争议解决路径：

   • 协商阶段：核对银行流水，重新签订补充协议明确本金数额及利息计算方式。
   • 诉讼阶段：
     1. 提供转账凭证作为反驳证据，申请法院调取对方银行账户明细；
     2. 对大额现金交付申请测谎或证人出庭（需提前向法院申请）；
     3. 若借据存在伪造嫌疑，可申请笔迹鉴定或主张合同无效。

示例：若借据载明借款20万元，但原告仅转账18万元，称剩余2万元为现金支付且无证据，被告可提供转账记录反驳。法院可能认定本金为18万元，并要求原告承担2万元未交付的举证责任。若被告主张2万元为利息预扣，需提供证据证明双方存在此类约定，否则法院不予采信。

如有进一步证据或细节需补充，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供更精准的法律分析。