结论：入职三个月辞工门店扣店提成是否合法，需根据具体情况判断，主要看劳动合同、公司规章制度以及提成发放的相关约定。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了提成的发放条件、时间以及离职时的处理方式，那么应当按照劳动合同的约定执行。
- 若劳动合同中未明确提及离职时提成的处理，但公司规章制度中有相关规定，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，对员工具有约束力，那么也应按照规章制度执行。
- 若劳动合同和规章制度均未规定，或规定不明确：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。提成作为劳动报酬的一部分，离职时应当按照实际工作情况结算并支付。
公司规章制度合法性：
- 即使公司规章制度中有关于离职时扣提成的规定，也需要判断该规定是否合法。如果规定违反了法律法规的强制性规定，或者显失公平，那么该规定可能无效。
- 例如，如果公司规章制度规定“员工离职时，无论何种原因，均扣除全部提成”，这样的规定可能因显失公平而被认定为无效。
二、从提成性质的角度
提成属于劳动报酬：
- 提成是员工根据销售业绩或工作成果获得的报酬，属于劳动报酬的一部分。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位应当按时足额支付劳动报酬。
离职时提成的结算：
- 员工离职时，用人单位应当根据员工实际工作情况结算并支付提成。如果员工已经完成了销售业绩或工作成果，且符合提成发放的条件，那么用人单位无权扣除提成。
三、从实际操作的角度
与用人单位协商：
- 如果员工认为用人单位扣除提成不合法，可以首先与用人单位进行协商，要求按照实际工作情况结算并支付提成。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的提成。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、销售业绩记录、提成发放记录等。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，要求用人单位支付提成及可能的赔偿。
建议：
- 在入职时，员工应当仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解提成的发放条件、时间以及离职时的处理方式。
- 如果发现用人单位有扣除提成等违法行为，员工应当及时收集证据并寻求法律帮助。
- 有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。