针对您提出的“建筑工程资质证书延期未过在建工程怎么办”的问题，这确实是一个涉及企业合规运营和项目顺利推进的重要议题。以下是我为您详细梳理的应对策略和步骤：

一、立即评估现状

1. 确认延期状态：首先，您需要明确建筑工程资质证书的延期申请是否已被主管部门正式受理，以及当前处于审核的哪个阶段（如形式审查、实质审查等）。

2. 评估在建工程影响：分析资质证书延期未过对在建工程的具体影响，包括但不限于工程进度、合同履行、法律责任等方面。

二、采取紧急措施

1. 与主管部门沟通：

   • 立即与当地建设行政主管部门取得联系，说明情况，询问延期申请的具体进展和可能存在的问题。
   • 了解是否有补救措施或加速审核的可能性，以及是否需要提供额外的材料或证明。

2. 准备应急方案：

   • 如果延期申请确实无法及时通过，您需要准备应急方案，如寻找具有相应资质的合作伙伴或分包商来继续完成在建工程。
   • 同时，考虑与业主协商，看是否可以调整工程进度或合同条款，以减轻因资质证书延期带来的负面影响。

三、完善延期申请材料（如尚未提交或需补充）

1. 核查并补充材料：

   • 根据主管部门的反馈，仔细核查延期申请材料是否齐全、准确。
   • 如需补充材料，如人员资质证明、业绩证明、财务报表等，应尽快准备并提交。

2. 确保材料真实性：

   • 在提交任何补充材料时，务必确保其真实性和准确性，避免因材料不实而进一步延误审核进程。

四、关注审核进展并积极配合

1. 持续跟进审核：

   • 定期与主管部门联系，了解延期申请的审核进展。
   • 如需配合实地核查或提供进一步解释，应积极响应并安排相关人员配合。

2. 保持沟通畅通：

   • 确保与主管部门的沟通渠道畅通无阻，以便及时获取最新信息和指导。

五、考虑法律途径（如必要）

1. 咨询法律专业人士：

   • 如果延期申请因非企业原因（如主管部门延误、政策变动等）而无法及时通过，且对在建工程造成重大影响，您可以考虑咨询法律专业人士，了解是否有法律途径可走。

2. 维护企业权益：

   • 在必要时，通过法律手段维护企业的合法权益，确保在建工程能够顺利推进。

六、预防未来风险

1. 提前规划延期：

   • 未来在资质证书到期前，应提前规划延期工作，确保有足够的时间准备材料和应对可能出现的意外情况。

2. 加强内部管理：

   • 加强企业内部管理，确保人员资质、业绩情况、财务状况等持续符合资质标准要求，减少延期申请的风险。

综上所述，面对建筑工程资质证书延期未过在建工程的情况，您需要立即评估现状、采取紧急措施、完善延期申请材料、关注审核进展并积极配合、考虑法律途径（如必要）以及预防未来风险。希望这些建议能对您有所帮助，确保您的企业能够顺利应对当前挑战并持续合法运营。