企业非法占有林地且耕地占50亩，属于严重违法行为，将面临行政处罚、刑事责任追究以及民事赔偿责任，具体处理方式如下：

一、行政处罚

1. 林业主管部门处罚：

   • 根据《中华人民共和国森林法》第七十三条，企业未经县级以上人民政府林业主管部门审核同意，擅自改变林地用途的，由县级以上人民政府林业主管部门责令限期恢复植被和林业生产条件，可以处恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下的罚款。
   • 若企业虽经县级以上人民政府林业主管部门审核同意，但未按照审核同意的内容进行建设的，同样会受到上述处罚。

2. 自然资源主管部门处罚：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，企业未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
   • 对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
   • 对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。

二、刑事责任追究

• 非法占用农用地罪：
  • 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，企业违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
  • 非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上的，或者非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的，或者其他林地十亩以上的，均属于“数量较大”，应予以立案追诉。
  • 在本案例中，企业非法占有耕地达50亩，已远超立案标准，将面临刑事责任的追究。

三、民事赔偿责任

• 企业非法占有林地和耕地，还可能对土地原使用者或所有者造成经济损失，如土地租金、农作物损失等。
• 根据相关法律法规，企业应承担相应的民事赔偿责任，赔偿受害者的实际损失。

四、其他后果

• 企业非法占地行为还可能影响其信用记录，对未来的融资、招投标等活动产生不利影响。
• 在某些情况下，企业还可能面临政府部门的联合惩戒，如限制参与政府采购、工程招投标等。