结论：甲方是否只有一份合同生效，不能一概而论，这取决于合同的签订方式、双方约定以及法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同签订方式的影响

   • 如果甲方与乙方签订的是一式多份的合同，并且每份合同的内容完全相同，那么这些合同在法律上都是有效的，且效力相同。此时，甲方持有的其中一份合同生效，并不意味着其他份合同无效。每份合同都是双方真实意思的表示，都受到法律的保护。
   • 如果甲方与乙方签订的是一式一份的合同，即只有一份合同原件，且该原件由甲方持有，那么这份合同在双方签字或盖章后即生效。但这种情况下，如果合同原件丢失或损毁，可能会给合同的履行和证明带来困难。

2. 双方约定的影响

   • 双方在合同中可以明确约定合同的生效条件、份数以及各份合同的效力等。如果合同中明确约定“本合同一式两份，甲乙双方各执一份，自双方签字或盖章之日起生效”，那么甲方持有的其中一份合同生效，乙方持有的另一份合同也同样生效。
   • 如果合同中约定“本合同仅甲方持有的一份为有效合同”，那么这种约定可能因违反公平原则或法律强制性规定而被认定为无效。在大多数情况下，合同的效力不应仅取决于一方是否持有合同原件。

3. 法律规定的影响

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，合同的生效主要取决于合同的成立和双方的约定，而不是合同份数的多少或哪一方持有合同原件。
   • 如果合同涉及需要办理批准等手续才能生效的情况，那么合同的生效时间将取决于相关手续的办理完成时间。

法律建议：

• 为了避免因合同份数或持有情况而引发的纠纷，建议双方在签订合同时明确约定合同的份数、各份合同的效力以及合同的生效条件等。
• 如果可能的话，尽量签订一式多份的合同，并确保每份合同的内容完全相同。这样，即使其中一份合同丢失或损毁，也不会影响其他份合同的效力。
• 在合同履行过程中，双方应妥善保管好自己持有的合同原件，以备不时之需。

可能后果：

• 如果甲方仅凭自己持有一份合同就主张其他份合同无效或拒绝履行合同义务，可能会面临违约责任或法律纠纷。
• 如果合同中确实存在关于合同份数或效力的特殊约定，且该约定不违反法律强制性规定和公平原则，那么双方应按照约定履行合同义务。否则，可能会因违反约定而承担相应的法律责任。

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