关于高标准农田建设项目中层层分包行为的处罚，其法律依据主要涉及《中华人民共和国招标投标法》《中华人民共和国建筑法》以及《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的相关规定，具体处罚依据和后果如下：
《中华人民共和国招标投标法》第四十八条与第五十八条
根据该法规定，中标人必须按照合同约定履行义务，不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。若中标人将项目分包给不具备相应资质条件的单位，或分包后再次分包（即“层层分包”），行政主管部门可责令改正，没收违法所得，并处以项目合同金额5‰以上10‰以下的罚款；对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额5%以上10%以下的罚款。若因分包导致工程质量、工期延误等问题，中标人还需承担赔偿责任。
《中华人民共和国建筑法》第二十八条与第六十七条
建筑法明确禁止承包单位将承包的全部建筑工程转包给他人，或肢解后以分包名义分别转包。若违反此规定，行政主管部门可责令改正，没收违法所得，并处以罚款（罚款幅度为工程合同价款的0.5%以上1%以下）；情节严重的，可责令停业整顿、降低资质等级，甚至吊销资质证书。若因转包或违法分包导致工程质量事故，承包单位还需承担连带赔偿责任。
《中华人民共和国民法典》第七百九十一条与第七百九十三条
民法典规定，承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人，或将其承包的全部建设工程肢解后以分包名义转包。若分包单位再次分包（即“层层分包”），合同可能被认定为无效。若建设工程经验收不合格，承包人需承担修复费用；修复后仍不合格的，承包人无权请求支付工程价款，且需赔偿发包人因此遭受的损失。
实务建议：
若您涉及高标准农田建设项目，需严格审查分包单位的资质，避免“层层分包”行为。若已发生此类情况，建议立即整改，与合法分包单位重新签订合同，并主动向行政主管部门报备，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。