结论：考上军队文职5年后发现对方父亲有刑事案件，一般情况下不会直接影响您的工作，但具体是否产生影响需结合多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、军队文职人员录用考察标准
军队文职人员的录用通常遵循严格的政治审查和背景调查程序，主要考察应聘者本人的政治素质、道德品质、能力素质、遵纪守法情况等。一般情况下，直系亲属（如父母）的刑事案件记录，在您已经通过录用考察并工作5年后，不会直接导致您失去工作或受到不利影响。这是因为，录用考察主要关注的是您入职时的个人情况，而非入职后家庭成员的变化。
二、特殊情况下的影响
尽管一般情况下直系亲属的刑事案件记录不会直接影响您的工作，但在某些特殊情况下，仍可能产生一定影响：
涉及国家安全或重大利益的情况：如果对方父亲的刑事案件涉及国家安全、危害国家利益等严重问题，且该问题与您的工作性质或职责存在潜在关联，那么相关部门可能会对您进行进一步的审查或调查。在这种情况下，虽然您本人没有直接责任，但可能会因家庭成员的问题而受到一定影响。
工作性质或职责的特殊性：如果您的工作涉及高度机密、敏感信息或需要高度信任的岗位，那么相关部门可能会对您进行更为严格的背景调查和政治审查。在这种情况下，直系亲属的刑事案件记录可能会成为审查的一个方面，但并非决定性因素。
单位内部规定或政策：不同单位可能有不同的内部规定或政策，对直系亲属的刑事案件记录有不同的处理方式。因此，您需要了解所在单位的具体规定和政策，以判断是否会对您的工作产生影响。
三、法律建议
保持冷静，理性对待：首先，您需要保持冷静，理性对待这一问题。不要因为对方父亲的刑事案件记录而过度担忧或恐慌，而是应该积极了解相关情况，并寻求合理的解决方案。
了解单位规定和政策：您可以向所在单位的人事部门或相关部门咨询，了解单位对于直系亲属刑事案件记录的具体规定和政策。这有助于您更好地判断是否会对您的工作产生影响，并采取相应的措施。
积极沟通，说明情况：如果相关部门对您进行进一步的审查或调查，您可以积极沟通，说明您与对方父亲的关系以及您对此事的态度和看法。同时，您也可以提供相关证据或材料，证明您本人没有直接责任或不良影响。
寻求法律帮助：如果您认为自己的权益受到侵害或面临不公正的待遇，您可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和辩护服务，帮助您维护自己的合法权益。
最后，考上军队文职5年后发现对方父亲有刑事案件，一般情况下不会直接影响您的工作。但您仍需保持警惕，了解单位规定和政策，并积极沟通说明情况。如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题。