针对您提出的“违规钻孔怎么处理”的问题，这确实是一个涉及安全、法律及责任承担的重要议题。违规钻孔的处理方式会因具体情境和违规性质的不同而有所差异，但通常可以归纳为以下几个方面的处理措施：

一、立即停止违规行为

一旦发现违规钻孔行为，首要任务是立即停止施工，以防止对现有结构、设施或人员安全造成进一步损害。例如，在北京市交通运输综合执法总队查处的案例中，执法人员第一时间责令现场工人停止施工，就是出于这样的考虑。

二、评估损害与风险

停止违规行为后，需要对已造成的损害进行评估，并分析可能存在的风险。这包括但不限于对结构安全性的影响、对周边环境的破坏以及可能引发的安全事故等。在地铁隧道被打穿的案例中，执法人员就要求施工单位配合地铁运营企业采取紧急措施，对漏水点进行封堵，以确保不影响列车安全运行。

三、依法承担责任

1. 行政处罚：根据违规行为的严重程度和造成的后果，相关部门会依法对违规者进行行政处罚。在北京市的案例中，建设单位和施工单位就因违法擅自施工被分别处予了20万元和10万元的罚款。

2. 民事赔偿：如果违规钻孔行为导致了他人财产或人身损害，违规者还需承担民事赔偿责任。在随州市中级人民法院审结的案例中，房主就因施工环境存在安全隐患，对装修工人的触电死亡承担了部分赔偿责任。

3. 刑事责任：在极端情况下，如果违规钻孔行为构成了犯罪（如故意破坏公共设施、危害公共安全等），违规者还可能面临刑事责任的追究。

四、整改与修复

除了承担法律责任外，违规者还需对违规行为进行整改，并修复已造成的损害。这包括但不限于重新进行合法合规的施工、恢复被破坏的结构或设施、消除安全隐患等。在北京市的案例中，执法人员就督促轨道运营公司对隧道打穿部位进行了永久性修复。

五、加强监管与预防

为了避免类似违规行为的再次发生，相关部门会加强监管力度，提高施工许可的门槛，加强对施工单位的资质审查和管理。同时，也会通过宣传教育等方式提高公众对违规钻孔行为危害性的认识，增强大家的法律意识和安全意识。

六、建议与提醒

• 施工前务必取得相关许可：在进行任何施工活动前，务必确保已取得所有必要的施工许可和批准。
• 进行充分的地质勘测：在施工前对施工位置地下情况进行充分勘测，了解地下设施分布情况，避免对现有结构造成破坏。
• 征得相关单位同意：如果施工活动可能影响到周边单位或个人的利益或安全，务必征得他们的同意并签订相关协议。
• 制定安全防护方案：根据施工活动的特点和可能存在的风险，制定详细的安全防护方案和应急预案。

综上所述，违规钻孔的处理需要综合考虑多个方面，包括立即停止违规行为、评估损害与风险、依法承担责任、整改与修复以及加强监管与预防等。希望这些建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。