在刑事自诉侵占案中，若被告人逃跑，自诉人可采取以下措施来维护自身权益：

1. 向法院申请逮捕或通缉
   根据《刑事诉讼法》相关规定，自诉案件中若被告人逃避审判，自诉人可向法院提交书面申请，请求对被告人采取逮捕措施或发布通缉令。法院审查后认为符合条件的，会依法移交公安机关执行。此过程中需提供被告人逃跑的证据（如监控录像、证人证言等）及基本身份信息。

2. 申请中止审理并等待被告人归案
   若被告人下落不明导致诉讼程序无法继续，自诉人可向法院申请中止审理。根据《刑事诉讼法》第二百零六条，法院会裁定中止案件，待被告人到案后恢复审理。此期间自诉人需保持与法院的沟通，及时补充新证据。

3. 要求法院缺席审判（需满足特定条件）
   在极特殊情况下，若被告人逃跑且案件事实清楚、证据充分，自诉人可申请缺席审判。但需注意：

   • 侵占罪属于告诉才处理的案件，原则上需被告人到庭参与诉讼；
     
   • 实践中法院对缺席审判的适用极为谨慎，通常需结合被告人逃跑的恶意程度、案件社会影响等因素综合判断。

4. 同步推进民事赔偿诉求
   若侵占行为同时涉及财产返还，自诉人可在刑事自诉程序中提出附带民事诉讼，或单独提起民事诉讼。即使被告人逃跑，法院仍可对民事部分进行缺席判决，并通过强制执行程序追缴财产（如查封银行账户、拍卖房产等）。

实务建议：

• 立即向公安机关报案，说明被告人涉嫌侵占罪及逃跑情况，要求协助查找；
  
• 整理所有证据材料（包括侵占行为证据、被告人身份信息、逃跑线索等），形成完整证据链；
  
• 定期与法院沟通案件进展，必要时申请调查令或要求法院依职权调取证据；
  
• 若被告人有可供执行的财产，可提前申请财产保全，防止资产转移。

法律依据：

• 《刑事诉讼法》第二百零六条（中止审理）、第二百九十一条（缺席审判适用情形）；
  
• 《刑法》第二百七十条（侵占罪构成要件及量刑标准）；
  
• 最高人民法院《关于适用〈刑事诉讼法〉的解释》第三百条（自诉案件审理程序）。

如有进一步细节需补充（如被告人逃跑时间、涉案金额、证据收集情况等），可随时告知，我会结合具体情形提供更精准的应对方案。