特许经营期间遇到停业整改，核心处理方式需结合合同约定与法律规定，分以下情况处理：

1. 优先核查特许经营合同条款
   特许经营合同中通常会约定“停业整改”的触发条件（如经营违规、安全隐患等）、整改期限、违约责任等内容。若合同明确约定了停业整改的流程（如提前通知、整改方案提交等），需严格按合同执行，避免因程序瑕疵被认定为违约。
   例如：合同约定“被特许人因卫生问题被行政处罚后，需在5日内停业整改并提交整改报告”，若未按时履行，特许人可能依据合同解除合作或要求赔偿。

2. 区分“主动整改”与“被动停业”

   • 主动整改：若因自身经营问题（如消防不达标、食品卫生问题）需停业，需及时与特许人沟通，明确整改方案、期限及费用承担（如设备升级费用由谁支付）。
     
   • 被动停业：若因行政机关要求（如环保检查、疫情管控）停业，需保留行政文书（如《停业通知书》），并依据合同约定或法律规定，与特许人协商分担停业期间的损失（如租金、员工工资）。
     

3. 注意停业期间的权利义务

   • 特许权使用费：若合同未约定停业期间是否减免特许权使用费，可主张按实际经营情况调整（如完全停业则暂停支付，部分停业则按比例减免）。
     
   • 员工管理：停业期间需依法支付员工基本工资或生活费（依据《工资支付暂行规定》），避免因劳动纠纷影响整改进度。
     
   • 客户权益：若停业影响消费者权益（如预付卡无法使用），需提前公告并妥善处理退费、转卡等事宜，避免被投诉或行政处罚。
     

4. 防范法律风险

   • 避免“擅自停业”：未经特许人同意或未履行合同程序擅自停业，可能构成违约，需承担违约金或赔偿损失。
     
   • 保留证据：整改过程中的沟通记录、费用凭证、行政文书等需留存，以备后续争议（如特许人拒不认可整改结果）时举证。
     
   • 及时复业：整改完成后需按合同或行政要求申请复业，避免因超期未复业被认定为“根本违约”。
     

总结：特许经营期间停业整改需以合同为依据，区分主动与被动情形，明确权利义务边界，并注重程序合规与证据留存。若对合同条款或法律责任有疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。