在刑事案件中，遗漏犯罪嫌疑人确实是一个需要严肃对待的程序问题，它关乎到司法的公正性、全面性以及被害人的合法权益。针对这一问题，我会从不同阶段为您详细阐述处理流程及相关规定。
一、侦查阶段
在侦查阶段，如果公安机关发现遗漏了犯罪嫌疑人，应立即启动补充侦查程序。这包括进一步调查取证、询问证人、分析线索等，以全面收集与遗漏嫌疑人有关的证据和信息。一旦证据确凿，公安机关会将新发现的犯罪嫌疑人列为侦查对象，深入侦查其涉嫌的犯罪行为，并完善案件的证据链条。最终，与其他已查明的犯罪嫌疑人一并移送人民检察院审查起诉。
二、审查起诉阶段
在审查起诉阶段，若人民检察院发现遗漏了犯罪嫌疑人，它有两种主要处理方式：
要求公安机关补充移送审查起诉：检察院会制作补充侦查提纲，详细说明需要补充侦查的事项，特别是遗漏犯罪嫌疑人的情况及需进一步查明的相关事实和证据，然后连同案卷材料一并退回公安机关进行补充侦查。
直接提起公诉：对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的遗漏犯罪嫌疑人，检察院也可以直接提起公诉，无需先退回公安机关补充侦查。这体现了检察机关在案件处理中的灵活性和效率性。
此外，如果辩护人或犯罪嫌疑人发现遗漏了共同犯罪人，他们也有权向检察院提出意见并提供相关线索和证据。检察院会核实这些信息，并作出相应处理。
三、审判阶段
在审判阶段，如果人民法院发现遗漏了犯罪嫌疑人，它通常会建议人民检察院补充或变更起诉，而不会自行追加被告人。这是因为法院在审判过程中主要扮演的是中立裁判者的角色，它不会主动介入案件的侦查和起诉工作。
如果公诉人在法庭审理中发现遗漏了罪行或同案犯罪嫌疑人，他会要求法庭延期审理，以便进行补充侦查或提供证据。
四、补充侦查的相关规定
无论是公安机关还是人民检察院进行的补充侦查，都应在一个月内完成，且最多不得超过两次。这是为了确保案件能够及时、高效地得到处理。在补充侦查过程中，公安机关应对遗漏的犯罪嫌疑人进行全面侦查，包括收集证据、讯问犯罪嫌疑人等，以确保案件事实清楚，证据确实充分。
五、特殊情况处理
如果司法机关工作人员故意遗漏犯罪嫌疑人，这可能构成滥用职权、徇私枉法等犯罪，应依法追究其刑事责任。此外，如果遗漏的犯罪嫌疑人对案件定罪量刑有重大影响，且因未及时补充调查导致案件处理结果可能出现偏差，当事人可以依法提出申诉或申请再审，以维护自身合法权益。
综上所述，刑事案件中遗漏犯罪嫌疑人的处理是一个严谨而复杂的过程。它需要司法机关严格按照法定程序进行侦查、审查起诉和审判，确保不遗漏任何应当被追究刑事责任的犯罪嫌疑人。这样，我们才能维护司法的公正性和全面性，保障被害人的合法权益。