公司并非所有部门都归总经办管理，具体管理架构需依据公司章程、组织架构及实际运营情况确定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 公司章程与组织架构的法定性
   根据《公司法》及相关规定，公司章程是公司的“宪法”，需明确公司的组织架构、部门设置及职权划分。总经办（总经理办公室）作为管理层执行机构，其职权范围通常由公司章程或董事会授权决定。例如，若公司章程规定财务部直接向董事会汇报，则总经办无权直接管理财务部。因此，部门是否归总经办管理，首先需查阅公司章程或内部管理制度。

2. 总经办的常规职权范围
   总经办通常负责协调各部门工作、监督执行董事会决策、管理日常行政事务等，但并非所有部门均需向其汇报。例如：

   • 业务部门（如销售部、市场部）可能直接向分管副总或总经理汇报；
     
   • 职能部门（如法务部、审计部）可能独立运行，仅在特定事项上与总经办协作；
     
   • 子公司或分支机构通常有独立的管理体系，总经办仅行使间接监督权。
     实践中，总经办的管理权限因公司规模、行业特性而异，需结合具体情况判断。

3. 特殊情形下的管理例外
   即使公司章程未明确规定，以下情形可能导致部门实际脱离总经办管理：

   • 董事会直接干预：如董事会为推进重大项目，临时指定某部门直接向其汇报；
     
   • 部门独立性要求：如研发部需保持技术决策自主性，可能绕过总经办直接对接高层；
     
   • 集团化管控模式：在集团企业中，子公司部门可能由集团总部垂直管理，而非子公司总经办。
     此类例外需通过公司内部文件或会议纪要等证据确认。

4. 法律风险与建议

   • 对公司的建议：若需明确总经办职权，建议修订公司章程或制定《部门职权划分细则》，避免管理混乱；
     
   • 对员工的建议：若对部门汇报关系存疑，可要求公司出具书面文件说明职权划分，以保障自身权益；
     
   • 对投资者的建议：在尽职调查中，需重点审查公司组织架构文件，评估管理层权限分配是否合理。

总结：公司部门是否归总经办管理无统一答案，需结合公司章程、实际运营及行业惯例综合判断。若您需进一步分析具体公司的管理架构，可提供更多细节（如公司规模、行业、部门设置等），我将为您定制法律意见。