公交公司利用各种理由扣司机钱是否违法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法扣款的情况
依据合法有效的规章制度
- 情况说明：公交公司为保障运营秩序、行车安全和服务质量，可以制定内部规章制度。这些规章制度应当经过民主程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并且进行公示或告知劳动者。若司机违反了这些合理、合法且经过公示的规章制度，公司有权依据规定进行扣款，但扣款需符合劳动法关于工资扣除的限制，比如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四条、以及《中华人民共和国劳动合同法》第四条均规定了用人单位应依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务，且直接涉及劳动者切身利益的规章制度应当经民主程序制定并公示。
- 举例：如司机无故多次缺席安全培训，公司可按规章制度进行警告或适当扣款（需确保扣款合法合规）。
基于劳动合同约定
- 情况说明：劳动合同中明确约定了双方的权利义务及违约责任。若司机违反了合同中的特定条款，如私自将车辆交由他人驾驶、违反交通规则导致公司损失等，公司有权依据合同条款进行扣款。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百七十七条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 举例：司机私自将车辆交由他人驾驶，违反了劳动合同中的明确约定，公司可依据合同扣除相应的绩效奖金或要求赔偿损失。
二、违法扣款的情况
处罚缺乏依据
- 情况说明：若公交公司扣款没有明确的规章制度或劳动合同作为依据，或者所依据的规章制度违反了法律法规的规定，那么这种扣款就是违法的。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十条规定，用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
- 举例：公司以司机未参加非强制性的公益活动为由进行扣款，这种扣款缺乏合法依据，是违法的。
处罚程序违法
- 情况说明：公交公司在对司机进行扣款前，应当调查核实事实、听取司机的陈述和申辩。如果公司未遵循这些法定程序就进行扣款，那么这种扣款可能是无效的。
- 法律依据：虽然《中华人民共和国行政处罚法》主要规范的是行政机关的处罚程序，但用人单位在内部管理中也应遵循类似的公平、公正原则，确保程序合法。
- 举例：公司未调查清楚事实或未听取司机的申辩就进行扣款，程序违法，司机有权提出异议并要求公司纠正。
三、建议与措施
对于司机而言：
- 首先应仔细审查公司的规章制度和劳动合同，了解自己的权利和义务。
- 如果认为公司的扣款行为违法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司提供扣款的合法依据和程序说明。
- 若协商无果，可以向当地的劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公交公司而言：
- 应建立健全合法有效的规章制度和劳动合同条款，明确双方的权利义务和违约责任。
- 在对司机进行扣款前，应确保有明确的依据和遵循法定程序，避免违法扣款引发的法律纠纷。
- 应加强对司机的培训和教育，提高司机的法律意识和职业素养，减少违规行为的发生。
总之，公交公司利用各种理由扣司机钱是否违法，取决于扣款的依据和程序是否合法合规。如果您作为司机遇到了类似问题，建议仔细审查相关规章制度和劳动合同条款，并与公司进行沟通协商。如有需要，也可以直接向我咨询相关法律问题。