结论：连锁店总部卖给加盟店没有标识的调料是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及食品安全法、消费者权益保护法以及合同约定等多个方面。以下从不同角度进行分析：
一、从食品安全法角度分析
标识要求：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，预包装食品的包装上应当有标签，标签应当标明名称、规格、净含量、生产日期、成分或者配料表、生产者的名称、地址、联系方式、保质期、产品标准代号、贮存条件、所使用的食品添加剂在国家标准中的通用名称、生产许可证编号等事项。
- 如果调料属于预包装食品，且未按照上述要求进行标识，则可能违反食品安全法的规定。
法律责任：
- 如果连锁店总部销售的调料未按照食品安全法的要求进行标识，可能面临警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业等行政处罚。
- 如果因销售未标识调料导致消费者健康受损，还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。
二、从消费者权益保护法角度分析
知情权：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，消费者享有知悉其购买、使用的商品或者接受的服务的真实情况的权利。
- 如果连锁店总部销售的调料未进行标识，导致加盟店或消费者无法了解调料的真实情况，可能侵犯了消费者的知情权。
法律责任：
- 如果因侵犯消费者知情权导致消费者损失，连锁店总部可能需要承担民事赔偿责任，包括赔偿损失、赔礼道歉等。
三、从合同约定角度分析
合同条款：
- 如果连锁店总部与加盟店之间签订了合同，且合同中明确规定了调料的标识要求，那么连锁店总部未按照合同约定提供标识调料，则构成违约。
违约责任：
- 根据合同法的规定，违约方需要承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
- 加盟店可以要求连锁店总部按照合同约定提供标识调料，或者要求赔偿因未标识调料导致的损失。
四、综合建议
核查调料性质：
- 首先需要确认调料是否属于预包装食品，以及是否需要按照食品安全法的要求进行标识。
检查合同条款：
- 查看连锁店总部与加盟店之间签订的合同，确认是否有关于调料标识的明确约定。
与总部沟通：
- 如果发现调料未进行标识，建议加盟店及时与连锁店总部沟通，要求其提供标识调料或解释原因。
寻求法律帮助：
- 如果沟通无果，或者因未标识调料导致损失，建议加盟店及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。