公证协议双方签字后，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
一、公证协议的效力基础
公证协议，顾名思义，是经过公证机关公证的协议。公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。经过公证的协议，其法律效力通常高于未经公证的协议，因为公证过程本身就包含了对协议内容真实性和合法性的审查。
二、双方签字对公证协议效力的影响
签字是协议成立的要件之一：在合同法中，双方签字或盖章是协议成立的重要标志。对于公证协议而言，双方签字同样意味着双方对协议内容的认可和接受，是协议成立并产生法律效力的前提。
签字需真实自愿：双方签字必须是真实、自愿的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果签字是在被欺诈、胁迫的情况下作出的，那么该签字可能无效，进而影响整个公证协议的效力。
签字与公证的关联：虽然双方签字是协议成立的要件，但公证则是增强协议法律效力的一种方式。公证机关在公证过程中会对协议内容进行审查，确保其真实、合法。因此，经过公证的协议，在双方签字真实自愿的前提下，其法律效力通常得到更强的保障。
三、公证协议有效的法定条件
除了双方签字外，公证协议要有效还需满足以下法定条件：
协议内容合法：协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、集体、第三人的利益。
协议形式合法：根据法律法规的规定，某些类型的协议必须采用书面形式，并可能需要经过公证等特定程序才能生效。对于这类协议，如果未满足形式要求，即使双方签字也可能无效。
公证程序合法：公证过程必须遵循法定程序，包括申请、受理、审查、出具公证书等环节。如果公证程序存在瑕疵，可能会影响公证协议的效力。
四、特殊情况下的公证协议效力
在某些特殊情况下，即使公证协议双方已经签字，也可能因特定原因而无效或可撤销。例如：
协议内容存在重大误解或显失公平：如果一方在签订协议时存在重大误解或协议内容显失公平，那么该方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销协议。
协议违反法律法规的强制性规定：如果协议内容违反法律法规的强制性规定，那么该协议自始无效。
公证机关存在过错：如果公证机关在公证过程中存在过错，如未尽到审查义务导致公证协议内容不真实、不合法，那么该公证协议可能因公证机关的过错而无效或可撤销。
五、建议与注意事项
确保签字真实自愿：在签订公证协议前，务必确保双方签字是真实、自愿的，不存在任何欺诈、胁迫等情形。
仔细审查协议内容：在签订公证协议前，务必仔细审查协议内容，确保其符合法律法规的规定，并充分理解协议条款的含义和后果。
选择正规公证机关：在办理公证时，务必选择具有合法资质的公证机关，并遵循法定程序进行公证。
及时咨询专业律师：如果在签订或履行公证协议过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。
总之，公证协议双方签字后，在符合法定条件的情况下是有效的。但为了确保公证协议的效力和避免潜在的法律风险，建议在签订和履行过程中务必谨慎行事，并遵循相关法律法规的规定。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。