个人向公司借款未还超过两年，公司可通过协商、诉讼等途径追讨借款，但需注意诉讼时效问题。具体分析如下：

1. 诉讼时效的法律规定

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从借款到期日或公司知道或应当知道权利受到损害之日起计算，公司有三年时间向法院提起诉讼要求还款。
   • 若借款合同中明确约定了还款期限，则诉讼时效从还款期限届满之日起计算。若未约定还款期限，则诉讼时效从公司要求借款人还款并给予合理期限后的次日起计算。

2. 超过两年未还的处理方式

   • 协商：尽管诉讼时效尚未完全届满（三年内），但公司可以首先尝试与借款人进行协商，寻求和解或制定还款计划。这有助于维护双方关系，并可能避免法律纠纷。
   • 发送催款通知：公司可以向借款人发送书面催款通知，要求其在一定期限内还款。这不仅可以提醒借款人履行还款义务，还可以在一定程度上中断诉讼时效（如果借款人在收到通知后承认债务或部分还款）。但需注意，单纯的催款通知可能不足以完全中断诉讼时效，具体效果需根据实际情况和法律规定判断。
   • 提起诉讼：如果协商无果，且诉讼时效尚未届满，公司可以向法院提起诉讼，要求借款人还款。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明借款事实、还款期限以及借款人未履行还款义务的事实。

3. 诉讼时效届满后的后果及应对

   • 如果借款已经超过三年诉讼时效，且在此期间公司未向借款人主张过权利（如发送催款通知、提起诉讼等），则借款人可能获得诉讼时效抗辩权。这意味着，即使借款人确实未还款，公司也可能因诉讼时效届满而败诉。
   • 应对策略：
     • 收集证据证明诉讼时效中断：如果公司在诉讼时效期间内曾向借款人主张过权利（如发送催款通知、与借款人协商还款等），并保留了相关证据，则可以证明诉讼时效已经中断并重新计算。
     • 借款人自愿履行：即使诉讼时效届满，如果借款人自愿履行还款义务，公司仍然可以接受还款。因为诉讼时效届满并不影响借款合同的效力，只是公司可能失去通过法律途径强制借款人还款的权利。
     • 考虑其他法律途径：如果诉讼时效确实届满且无法证明中断，公司可以考虑通过其他法律途径追讨借款，如申请支付令等。但需注意，这些途径的适用条件和效果可能因具体情况而异。