在与分公司有合同纠纷的情况下，确实可以起诉总公司，但具体需根据分公司的财产状况、纠纷性质以及合同约定等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、通常情况：可以起诉总公司
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十四条第一款，公司设立的分公司不具有法人资格，其民事责任由公司（即总公司）承担。
- 《中华人民共和国民法典》第七十四条也明确规定，分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
解释：
- 分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立法人资格，但可以自己的名义进行民事活动。当与分公司签订的合同出现纠纷，由于分公司不能独立承担民事责任，因此该责任需由总公司来承担。这意味着，在大多数情况下，你可以直接起诉总公司要求其承担相应的民事责任。
二、特殊情况下的责任承担
分公司财产不足情形：
- 当分公司有一定财产但不足以承担全部赔偿责任时，你可以将总公司列为共同被告，要求总公司承担剩余部分的赔偿责任。例如，若分公司因合同违约需赔偿100万元，但其仅有60万元可执行财产，则剩余的40万元可由总公司承担。
分公司无独立财产情形：
- 若分公司刚设立或未开展经营活动，没有独立财产来承担民事责任，你可以直接起诉总公司要求其承担全部赔偿责任。
总公司直接参与合同履行或存在过错：
- 如果总公司直接参与了分公司与他人合同的签订过程，或对分公司的行为有过错（例如指示分公司违法操作、不当干预导致合同无法履行等），总公司应当承担相应的民事责任。此时，你当然可以将总公司作为被告。
分公司未依法登记或已被撤销、关闭：
- 若分公司未按法律规定进行登记，或已被总公司撤销、关闭，此时分公司的民事主体资格存在问题或已丧失。这种情况下，与分公司所签合同产生的民事责任应由总公司直接承担，你可以直接起诉总公司。
分公司签订合同未经总公司授权且未追认：
- 如果分公司签订合同未经总公司授权，且总公司事后也未追认，那么可能不能直接起诉总公司要求承担责任。但在实际操作中，这一情况的判定需综合考虑合同内容、双方意愿及总公司的管理责任等多种因素。如果总公司对分公司的管理存在疏忽或过错，也可能需要承担一定的责任。
三、实际合同关系与纠纷性质的影响
- 虽然法律上规定了分公司与总公司的责任关系，但在具体案件中，还需考虑双方的实际合同关系、纠纷的性质以及当地的法律法规。这些因素可能影响诉讼策略的选择和最终的法律责任分配。例如，如果合同中明确约定了纠纷解决方式或责任承担方式，那么应优先遵循合同约定。
四、建议与注意事项
- 在与分公司签订合同时，建议尽量明确合同条款，特别是关于责任承担和纠纷解决方式的条款，以确保自身权益得到充分保护。
- 如果发生纠纷，建议及时收集证据，包括合同文本、交易记录、沟通记录等，以便在诉讼中证明自己的主张。
- 在决定是否起诉总公司时，建议全面考虑分公司的财产状况、总公司的参与程度以及合同条款等因素。如果情况复杂或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具体的法律分析和诉讼策略。
综上所述，与分公司有合同纠纷时，你可以根据具体情况选择起诉总公司以维护自身合法权益。在具体操作中，请务必注意收集证据和遵循法律程序，以确保诉讼的顺利进行和权益的有效保护。