结论：公司因自身原因放假而扣员工工资，一般是不合法的，但具体还需根据放假性质、劳动合同及公司规章制度等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、放假性质与工资支付
法定假日或带薪年休假：
- 若公司因法定假日（如春节、国庆等）或员工依法享受的带薪年休假而放假，根据《劳动法》和《职工带薪年休假条例》的相关规定，员工在法定假日和带薪年休假期间，应享受与正常工作期间相同的工资待遇。因此，公司不得扣减员工工资。
公司自主安排的放假：
- 若公司因自身经营需要（如设备检修、淡季等）自主安排放假，且放假时间不属于法定假日或带薪年休假，此时工资支付需依据劳动合同、公司规章制度或双方协商确定。
- 通常情况下，若劳动合同或公司规章制度中未明确规定此类放假期间工资支付方式，或规定与法律法规相抵触（如规定放假期间无工资），则公司应按照不低于当地最低工资标准的80%支付员工生活费（具体比例可能因地区而异，需参考当地规定）。直接扣减工资而不支付任何费用，则可能构成违法。
- 特殊情况下，若劳动合同或公司规章制度中明确规定了此类放假期间工资支付方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司可按照约定支付工资。但即便如此，公司也不得随意扣减工资，除非有合法合理的理由（如员工违纪、给公司造成损失等）。
二、劳动合同与规章制度
- 劳动合同：劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。若劳动合同中明确规定了放假期间工资支付方式，则公司应按照劳动合同执行。
- 公司规章制度：公司规章制度是公司内部管理的重要依据。若公司规章制度中规定了放假期间工资支付方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示或告知，则公司可按照规章制度执行。但同样，公司不得随意扣减工资。
三、法律建议与风险提示
对于员工：
- 若公司因自身原因放假并扣减工资，员工可首先与公司协商解决。
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在此过程中，员工应保留好相关证据（如劳动合同、工资条、放假通知等），以便在需要时提供证明。
对于公司：
- 公司应合理规划生产经营活动，避免因自身原因频繁放假或长时间放假。
- 若确需放假，公司应提前与员工协商并明确工资支付方式，确保符合法律法规的规定。
- 公司应完善劳动合同和规章制度，明确放假期间工资支付方式等条款，以减少劳动纠纷的发生。
最后，劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和事实认定。若您或您的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。