在综合工时制下，员工在法定节假日工作，其三倍工资的计算是一个涉及多个步骤和要素的过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的基本概念
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它允许以周、月、季、年为周期来综合计算工作时间。这种制度特别适用于那些因工作性质特殊或受自然条件限制而需要连续作业的行业。在综合工时制下，某一具体日（或周）的实际工作时间可能会超过标准工作时间，但整个周期内的总工作时间不得超过法定标准。
二、三倍工资计算的法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是计算三倍工资的法律基础，也是保障劳动者在法定节假日工作权益的重要依据。
三、三倍工资的具体计算方法
确定日工资标准：
- 日工资的计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数。
- 月计薪天数通常按照21.75天来计算，这是依据原劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》得出的。
计算法定节假日加班工资：
- 法定节假日加班工资的计算公式为：法定节假日加班工资 = 日工资 × 300% × 法定节假日加班天数。
- 例如，如果员工的月工资为6000元，在法定节假日加班1天，那么其加班工资就是：6000 ÷ 21.75 × 300% × 1 = 827.58元。
四、特殊情况的处理
综合计算周期内工时未超标准：
- 即使在综合计算周期内总工时未超过法定标准，但只要员工在法定节假日加班，用人单位仍需按照300%的标准支付加班工资。
综合计算周期内工时超过标准：
- 如果员工在综合计算周期内的总工时超过了法定标准，那么对于超过的部分，用人单位应按照不低于小时工资的150%支付加班工资。但这一规定并不影响法定节假日加班工资的支付标准。
五、实际操作中的注意事项
地区与行业差异：
- 具体的计算方式可能会因地区、行业以及企业规定而有所不同。因此，在计算三倍工资时，建议参考当地的劳动法规和企业规章制度。
休息日与平日加班：
- 除了法定节假日外，员工在休息日或平日加班也可能有权获得加班费或其他补偿。这些补偿的计算方式和标准需根据具体法律法规和企业规定来确定。
记录与证明：
- 用人单位应准确记录员工的加班时间，并提供相应的加班证明。这是确保加班工资合法支付的重要依据，也是维护员工权益的必要手段。
综上所述，综合工时制下节假日三倍工资的计算需严格遵循相关法律法规，并结合实际情况进行具体操作。用人单位应确保加班工资的准确计算与及时支付，以保障员工的合法权益。同时，员工也应了解自己的权益和计算方法，以便在必要时进行维权。