在民间借贷纠纷中，若原告诉称有借据但庭审时未能提交，仅提供了转账凭据，而被告抗辩已还款的情况下，法院的审理和判断会基于双方提供的证据及法律规定进行综合考量。以下是从不同角度对此问题的分析：

1. 原告仅提供转账凭据的法律效力：

   • 转账凭据作为资金往来的直接证据，能够证明原告向被告支付了款项，这是民间借贷关系成立的重要一环。然而，转账凭据本身并不足以完全证明借贷关系的存在，因为资金往来可能基于多种原因，如赠与、投资、还款等。
   • 在缺乏借据等直接证据的情况下，原告需要提供其他辅助证据来证明双方之间存在借贷合意，如聊天记录、录音录像、证人证言等，以形成完整的证据链。

2. 被告抗辩已还款的举证责任：

   • 被告若抗辩已还款，则需承担相应的举证责任。这通常包括提供还款凭证，如银行转账记录、收条、微信或支付宝转账记录等，以证明其已履行了还款义务。
   • 如果被告能够提供充分的证据证明已还款，且原告无法提供相反证据予以反驳，则法院可能会认定被告已履行还款义务，从而驳回原告的诉讼请求。

3. 法院的审理和判断：

   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑双方提供的证据，包括转账凭据、被告的还款凭证、双方的陈述及辩论意见等。
   • 法院会依据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》等相关法律法规，对证据的真实性、合法性、关联性进行审查，并据此判断双方之间是否存在借贷关系以及被告是否已履行还款义务。
   • 如果法院认为原告提供的证据不足以证明借贷关系的存在，或者被告提供的证据足以证明已还款，则法院可能会驳回原告的诉讼请求。

4. 对原告的建议：

   • 原告在起诉前应尽可能收集并保存所有与借贷关系相关的证据，包括借据、转账凭据、聊天记录等，以形成完整的证据链。
   • 如果庭审时未能提交借据，原告应积极提供其他辅助证据来证明借贷关系的存在，并尝试说明借据未能提交的原因。
   • 原告应密切关注被告的举证情况，并及时提出反驳意见和证据。

5. 对被告的建议：

   • 被告在收到起诉状后，应认真审查原告提供的证据，并积极准备自己的抗辩证据。
   • 如果被告确实已还款，应尽快提供还款凭证等证据来证明自己的抗辩主张。
   • 被告在庭审过程中应如实陈述事实，并积极配合法院的审理工作。

总结来说，在民间借贷纠纷中，若原告诉称有借据但庭审时未能提交，仅提供了转账凭据，而被告抗辩已还款的情况下，法院的审理和判断会基于双方提供的证据及法律规定进行综合考量。因此，双方都应积极准备证据，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。