工厂搜身主要侵犯了公民的人身自由权和人格尊严权。以下是对这两个权利的详细解释：
人身自由权：
- 定义：人身自由权是指公民在法律范围内有独立行为而不受他人干涉，不受非法逮捕、拘禁，不被非法剥夺、限制自由及非法搜查身体的自由权利。
- 工厂搜身中的侵犯：工厂未经员工同意或未依据法律规定，擅自对员工进行搜身，限制了员工的人身自由，使其处于被监视、被控制的状态，这明显侵犯了员工的人身自由权。
人格尊严权：
- 定义：人格尊严权是指公民的名誉和公民作为一个人应当受到他人最起码的尊重的权利。它包括名誉权、肖像权、姓名权、隐私权、荣誉权等。
- 工厂搜身中的侵犯：搜身行为往往伴随着对员工身体的直接接触和检查，这种行为可能让员工感到被侮辱、被贬低，从而损害了其人格尊严。特别是在没有合理理由或未经员工同意的情况下进行搜身，更可能让员工觉得自己的尊严受到了严重侵犯。
法律后果与建议：
- 如果工厂搜身行为被认定为违法，工厂可能需要承担民事责任，如赔偿员工因此遭受的损失（包括精神损害赔偿）。
- 在极端情况下，如果搜身行为构成了犯罪（如非法搜查罪），工厂的相关责任人员还可能面临刑事处罚。
- 建议：作为员工，如果遭遇工厂非法搜身，应首先保持冷静，记录下搜身的时间、地点、参与人员等信息，并尽快向相关部门（如劳动监察部门、公安机关）投诉或举报。同时，也可以考虑咨询专业律师，了解自己的法律权益，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。
工厂搜身行为不仅违反了法律规定，也违背了社会公德和职业道德。作为员工，我们应该了解自己的法律权益，并在遭遇侵权时勇敢站出来维护自己的权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。