民事案件二审由行政庭法官独任审理，这一做法在一般情况下是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：

1. 审判庭与案件性质的匹配性：

   • 民事案件应当由民事审判庭进行审理，这是基于案件性质和审判庭的专业分工。行政庭主要负责审理行政案件，其法官的专业背景和审判经验也主要集中于行政法领域。
   • 如果民事案件由行政庭法官审理，可能存在专业不对口的问题，影响审判质量和效率。

2. 独任审理的适用范围：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，独任审理通常适用于事实清楚、权利义务关系明确、争议不大的简单民事案件，且一般限于基层人民法院和它派出的法庭审理第一审民事案件。
   • 在二审程序中，由于案件已经经过一审，且可能涉及更复杂的法律问题和事实争议，因此通常不采用独任审理，而是由合议庭进行审理。

3. 法官的任职资格与审判庭的对应关系：

   • 法官的任职资格通常与其所在的审判庭相对应。行政庭法官主要具备行政法方面的专业知识和审判经验，而民事案件的审理则需要法官具备民商法方面的专业知识和审判经验。
   • 如果行政庭法官独任审理民事案件，可能涉及法官任职资格与审判庭不对应的问题，这不符合审判的专业化和规范化要求。

4. 可能的例外情况：

   • 虽然一般情况下民事案件二审不应由行政庭法官独任审理，但也存在某些特殊情况或改革试点，可能允许跨审判庭审理或独任审理。然而，这些情况通常需要有明确的法律规定或司法解释作为依据，并且需要遵循严格的程序和条件。
   • 在没有明确法律规定或司法解释支持的情况下，民事案件二审由行政庭法官独任审理仍然是不合法的。

建议与后果：

• 如果您遇到民事案件二审由行政庭法官独任审理的情况，您可以向法院提出异议，要求更换合议庭或审判庭进行审理。
• 如果法院坚持由行政庭法官独任审理，并且您认为这一做法影响了您的合法权益，您可以在上诉或申诉时提出这一问题，作为法院程序违法的理由之一。

综上所述，民事案件二审由行政庭法官独任审理在一般情况下是不合法的。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。