关于病假期间餐补和交通补贴是否扣除的问题，结论是：这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的具体约定，法律并未对此作出统一规定。以下从不同角度为你详细分析：
公司规章制度与劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则订立劳动合同。劳动合同中可以约定劳动者的工资构成，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间餐补和交通补贴的扣除情况，那么公司有权按照约定执行。例如，如果合同中写明“病假期间，餐补和交通补贴不予发放”，则公司扣除这些补贴是合法的。
- 反之，如果规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确，那么公司通常不能随意扣除这些补贴。
病假工资的支付标准：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关劳动法规，职工在病假期间，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。但这一规定主要针对的是基本工资部分，对于餐补和交通补贴等额外福利，法律并未明确规定是否必须支付。
- 因此，即使公司支付了病假工资，也不意味着它必须同时支付餐补和交通补贴。这仍然取决于公司的规章制度和劳动合同中的约定。
实际操作建议：
- 如果你对公司的扣除行为有疑问或不满，首先建议查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于病假期间补贴支付的具体规定。
- 如果规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确，你可以与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，表达你的诉求和疑问。
- 如果沟通无果，你可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来说，病假期间餐补和交通补贴是否扣除，并没有一个统一的法律标准。它主要取决于公司的规章制度和劳动合同中的具体约定。因此，在面对这种情况时，建议你首先查阅相关规章制度和合同条款，了解自己的权益和义务。如果有任何疑问或不满，及时与公司沟通或寻求法律援助。