针对您签了三方协议并入职后想要辞职的情况，我会从以下几个方面为您详细解答：
一、关于三方协议的违约金问题
首先，需要明确的是，《全国普通高等学校毕业生就业协议书》（即三方协议）是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的协议。它允许在协议中约定违约金，但这一约定在您正式入职并签订劳动合同后，其效力会发生变化。
关键点：当您凭就业报到证到公司报到，且公司也与您签订了劳动合同后，三方协议实际上已经自行终止。因此，即使三方协议中原本约定了违约金，您在入职后辞职也无需再承担这一违约责任。不过，值得注意的是，辞职后您将丧失在毕业后两年择业期内按照应届高校毕业生对待的权利。
二、关于合法离职的流程
既然您已经入职并签订了劳动合同，那么您的离职就需要遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。
提前通知：根据法律规定，如果您处于正常劳动合同履行阶段（非试用期），因个人原因想要离职，应当提前三十日以书面形式通知用人单位。这是您的法定义务，也是确保工作平稳交接的重要环节。
工作交接：在离职前，您需要与用人单位妥善办理工作交接，包括移交工作资料、公司财物、未完成事项对接等。建议您签署书面交接确认单并留存，以避免后续纠纷。
离职证明与社保转移：离职时，您有权要求用人单位出具离职证明，并在十五日内为您办理档案和社会保险关系转移手续。这是您的合法权益，用人单位有义务配合。
三、关于特殊情况的离职
如果您确实面临需要立即离职的情况（如家庭突发状况、健康问题等），我建议您：
与用人单位协商：将您的实际情况告知用人单位，尝试协商是否可以提前离职。如果用人单位同意，建议您保留相关书面凭证（如邮件、短信、聊天记录等），以避免后续纠纷。
避免违规离职：在未协商一致的情况下，擅自离岗、无故缺勤属于违规离职。这不仅可能影响您的职业声誉，还可能给用人单位造成财产损失等后果，届时您可能需要依法承担赔偿责任。
四、总结与建议
综上所述，您在签了三方协议并入职后想要辞职，无需再承担三方协议中的违约金责任。但您需要遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，提前三十日以书面形式通知用人单位，并妥善办理工作交接和离职证明、社保转移等手续。如果确实需要立即离职，请务必与用人单位协商并保留相关书面凭证。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。