结论前置：针对变更法人提交后新法人反悔的情况，处理方式主要取决于变更登记是否已完成以及相关协议的具体内容。以下是从不同角度的详细分析：
变更登记已完成的情况：
- 法律后果：一旦公司法人变更登记完成，新法人即正式成为公司的法定代表人，享有相应的权利并承担义务。此时，若新法人反悔，不能单方面撤销变更登记，因为这涉及到公司登记机关的行政行为以及公司外部第三人的利益。
- 处理方式：
- 协商解决：新法人与原公司股东或相关方进行协商，看是否能够达成一致意见，通过内部转让股权或其他方式调整法人身份。但这种方式需要各方自愿，且可能涉及复杂的股权结构和公司治理问题。
- 法律途径：如果协商无果，新法人可能需要根据其与公司之间签订的协议（如股权转让协议、法人变更协议等）来寻求法律救济。但通常这些协议中不太可能直接约定新法人可以单方面反悔并撤销变更登记的条款。因此，新法人可能需要通过诉讼等方式来主张其权益，但这往往成本较高且结果不确定。
变更登记未完成的情况：
- 法律后果：在变更登记未完成前，新法人尚未正式成为公司的法定代表人，此时若新法人反悔，理论上可以阻止变更登记的完成。
- 处理方式：
- 撤回申请：新法人可以与公司协商，共同向公司登记机关撤回法人变更登记的申请。这通常需要提交书面申请并说明原因。
- 不配合完成登记：如果新法人单方面反悔且不愿配合完成登记手续，公司可能需要考虑寻找其他合适的法人候选人，并重新启动变更登记程序。在此过程中，公司应注意保留相关证据，以证明新法人的反悔行为以及公司因此遭受的损失（如有）。
相关协议的具体内容：
- 协议约定：无论变更登记是否完成，新法人与公司之间签订的协议都是处理此类纠纷的重要依据。如果协议中明确约定了新法人反悔时的处理方式（如违约金、赔偿损失等），则双方应按照协议约定执行。
- 无约定或约定不明：如果协议中没有相关约定或约定不明，则双方可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决纠纷。在此过程中，法院或仲裁机构会根据相关法律法规、行业惯例以及公平原则等因素来综合判断并作出裁决。
建议：
- 在进行法人变更前，公司应与新法人充分沟通并明确双方的权利义务以及变更后的相关安排。
- 签订详细的法人变更协议，并在协议中明确约定新法人反悔时的处理方式以及违约责任等条款。
- 在变更登记过程中，公司应密切关注登记进展并及时与新法人沟通确认相关事宜。
- 如遇纠纷或不确定情况，建议及时咨询专业律师以获取针对性的法律建议。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。