在面临持有土地证却发生土地纠纷的情况时，您可以按照以下清晰、详细且有条理的步骤来处理：

一、确认土地证的真实有效性

首先，您需要仔细查看并确认土地证的真实性和准确性。这是解决纠纷的首要步骤，因为土地证是证明您土地权益的关键文件。您应核实土地证上的信息，如权利人、土地位置、面积等，确保这些信息无误且与实际情况相符。

二、明确纠纷性质和内容

接下来，您需要明确纠纷的具体性质和内容。这包括确定争议的土地位置、面积、使用权归属，以及识别是否存在侵权、合同违约或其他具体法律问题。明确纠纷性质有助于您选择合适的解决方式。

三、尝试协商解决

在确认土地证真实有效且明确纠纷性质后，您可以尝试与对方进行协商解决。协商是成本最低且有助于维护双方关系的解决方式。您可以围绕土地使用、边界划分、相邻关系等争议点展开沟通，尝试达成和解协议。

四、寻求调解帮助

如果协商不成，您可以寻求第三方调解帮助。这可以是村民委员会、居民委员会的人民调解委员会，也可以是相关政府部门。调解方会听取双方陈述，查看证据，并提出解决方案，促使双方达成调解协议。

五、考虑行政处理

对于某些土地纠纷，您还可以向有管辖权的人民政府土地管理部门提出申请，进行行政处理。政府部门会依据土地证、登记档案、历史使用情况等资料进行调查，并作出行政处理决定。

六、仲裁或诉讼解决

1. 仲裁：如果纠纷属于农村土地承包经营纠纷等特定范围，您可以考虑提交仲裁申请。仲裁委员会会组成仲裁庭进行审理，并作出具有法律效力的裁决。

2. 诉讼：对于土地侵权等民事争议，或者对政府部门作出的土地纠纷行政处理决定不服时，您可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要明确诉讼请求，提供充分证据，并积极参与庭审活动。如果胜诉且对方不履行判决义务，您还可以向法院申请强制执行。

七、注意事项

1. 保留证据：无论采取何种方式解决纠纷，都应妥善保留相关证据和文件，如土地证、合同、交易记录、现场照片等。这些证据将有助于您证明自己的权益和主张。

2. 遵守程序：在解决土地纠纷的过程中，您应遵循法律法规和程序规定。这包括按时提交材料、参加庭审活动、遵守调解或仲裁协议等。确保合法权益得到保障的同时，也维护了法律的尊严和权威。

3. 预防纠纷：为了避免未来再次发生土地纠纷，您在购买或转让土地时应进行充分调查，确保权属清晰无争议。同时，遵守相关法律法规和合同约定也是预防纠纷的重要措施。

综上所述，解决土地纠纷需要综合考虑多种因素并选择合适的方式进行处理。在整个过程中，保持冷静理性、注重证据保留、遵守程序规定是至关重要的。希望这些建议能对您有所帮助。