个体夫妻店合法发放工资的核心前提是遵守国家劳动法律法规，确保工资发放符合最低工资标准、书面记录、个税代扣代缴等要求。具体操作可参考以下步骤：

1. 明确劳动关系属性
   若夫妻店未注册为个体工商户或公司，而是以家庭经营形式存在，且夫妻双方均参与经营，通常不视为劳动关系，无需按《劳动合同法》发放工资，但需注意：

   • 家庭内部财产分配需符合《民法典》婚姻家庭编规定，避免因财产混同引发纠纷；
     
   • 若雇佣非家庭成员（如员工），则必须签订书面劳动合同，明确工资标准、发放时间等条款。

2. 合法发放工资的实操要点（针对雇佣员工的情况）

   • 工资标准：不得低于当地最低工资标准（可通过当地人社局官网查询），建议以书面形式约定工资构成（如基本工资+绩效）；
     
   • 发放形式：优先通过银行转账留存凭证，避免现金发放无记录；若必须现金，需员工签字确认收条；
     
   • 个税代扣：月工资超过5000元需按《个人所得税法》代扣代缴个税，可通过个税APP或当地税务局申报；
     
   • 工资条：每月提供工资条，列明工资项目、扣除项（如社保、个税）及实发金额，由员工签字确认；
     
   • 社保缴纳：若员工要求，需按《社会保险法》缴纳社保（养老、医疗、失业等），可通过当地社保局办理。

3. 特殊情形处理

   • 夫妻共同经营无员工：无需发工资，但需将经营收入纳入家庭共同财产，避免因财产分割引发矛盾；
     
   • 兼职或临时工：按小时或日结算工资，需留存考勤记录，同样需代扣个税（若月收入超5000元）；
     
   • 未签合同员工：仍需按实际劳动发放工资，且可能面临双倍工资赔偿风险（《劳动合同法》第82条），建议尽快补签合同。

风险提示：若未按规定发放工资（如低于最低标准、未代扣个税），可能面临劳动监察部门处罚（如补发工资、罚款）；若与员工发生纠纷，需承担举证责任（如工资记录、考勤等），建议提前规范流程。

如有具体操作疑问（如当地最低工资标准、社保缴纳比例），可进一步向我咨询。