单位撤销部门时，员工的赔偿问题主要依据《劳动合同法》的相关规定来处理，具体赔偿情况需根据实际情况判断，以下分情况说明：

1. 经济补偿金：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第四十六条，因用人单位被依法宣告破产、被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散等情形导致劳动合同终止的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
   • 计算方式：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
   • 示例：若员工在单位工作了5年，月工资为8000元，则经济补偿金为5个月×8000元/月=40000元。

2. 代通知金：

   • 特殊情况：如果单位在撤销部门时，未提前三十日以书面形式通知劳动者本人，那么除了支付经济补偿金外，还需要额外支付一个月工资作为代通知金。但这一规定主要适用于《劳动合同法》第四十条规定的情形，即劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。在部门撤销导致劳动合同终止的情况下，通常不直接适用代通知金的规定，但具体还需看劳动合同及单位规章制度是否有特别约定。
   • 若适用：代通知金的标准为劳动者上一个月的工资标准。

3. 其他可能的赔偿或补偿：

   • 未休年假补偿：如果员工在部门撤销前有未休的年假，单位应当按照员工日工资收入的300%支付未休年假工资报酬，其中包含用人单位支付员工正常工作期间的工资收入。
   • 加班费等：如果员工存在加班情况且单位未支付加班费，员工也有权要求单位支付相应的加班费。

建议行动：

• 与单位协商：首先，建议员工与单位进行友好协商，了解单位撤销部门的具体原因、赔偿方案等，并尝试就赔偿问题达成一致。
• 收集证据：如果协商无果，员工应收集相关证据，如劳动合同、工资单、工作证明、部门撤销的通知等，以备后续维权之需。
• 申请劳动仲裁：若单位拒绝支付应有的赔偿，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

后续思考：

• 在处理此类问题时，员工应了解自己的权益和单位的义务，确保自己的合法权益不受侵害。
• 同时，单位也应遵守相关法律法规，合理、合法地处理部门撤销和员工赔偿问题，以维护良好的劳动关系和企业形象。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。