结论：双方当事人已结算工程款后，法院再次审理是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，如果存在法定事由，如结算协议存在无效或可撤销情形，法院再次审理是合法的；若不存在这些情形，法院再次审理则可能缺乏合法依据。
分析如下：
结算协议的法律效力：
- 双方当事人就工程款进行结算后，通常会签订结算协议。该协议一旦成立并生效，即对双方产生法律约束力，双方应按照协议履行各自的义务。
- 如果结算协议不存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），那么该协议就是合法有效的，双方应遵守。
法院再次审理的合法性：
- 合法情形：如果一方当事人认为结算协议存在无效或可撤销的情形，并提供了充分的证据支持其主张，那么法院在受理并审查相关证据后，如果认为确实存在这些情形，就有可能对案件进行再次审理。这是为了保障当事人的合法权益，确保司法公正。
- 不合法情形：如果结算协议是合法有效的，且没有法定事由支持再次审理（如没有新证据、没有新情况等），那么法院再次审理就可能缺乏合法依据。在这种情况下，当事人可以向法院提出异议，要求法院维持原结算协议的效力。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。如果结算协议存在无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗等），那么该协议自始无效，法院有权进行再次审理。
- 同样，根据《中华人民共和国民法典》中关于可撤销民事法律行为的规定，如果结算协议是在受欺诈、胁迫等情形下签订的，或者存在显失公平的情况，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。在这种情况下，法院也有权进行再次审理。
建议：
- 如果您认为结算协议存在无效或可撤销的情形，并希望法院进行再次审理，建议您及时收集并整理相关证据，向法院提起诉讼或申请仲裁。
- 如果您认为结算协议是合法有效的，且没有法定事由支持再次审理，但对方却向法院提起了诉讼或申请了仲裁，那么您可以积极应诉或参与仲裁，提供证据证明结算协议的合法性和有效性。
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