结论：公司发员工2000的工资，员工不起诉并不意味着不会被税务查到。税务部门对工资发放的监管并不完全依赖于员工的起诉，而是有其独立的监管机制和手段。
分析：
税务部门的监管职责：
- 税务部门负责税收的征收和管理，包括个人所得税的征收。工资薪金所得属于个人所得税的征税范围，因此税务部门有权对工资发放情况进行监管。
- 税务部门通过企业申报、税务稽查等手段，对企业的工资发放情况进行监督和检查，以确保税收的合法性和准确性。
工资发放的税务合规性：
- 公司发放工资时，需要按照税法规定代扣代缴个人所得税，并将税款及时上缴税务部门。
- 如果公司未按照规定代扣代缴税款，或者存在少报、漏报工资薪金所得的情况，税务部门在稽查过程中可能会发现这些问题，并依法对公司进行处罚。
员工起诉与税务稽查的关系：
- 员工起诉公司通常是因为公司存在违法行为，如拖欠工资、未支付加班费等，而并非直接因为税务问题。
- 税务稽查是税务部门的独立行为，不依赖于员工的起诉。即使员工不起诉，税务部门仍然有权对公司的工资发放情况进行稽查。
可能的法律后果：
- 如果公司存在未按照规定代扣代缴个人所得税的情况，税务部门可能会要求公司补缴税款，并加收滞纳金和罚款。
- 在严重情况下，税务部门还可能将公司的违法行为移送司法机关处理，追究相关责任人的刑事责任。
建议：
- 公司角度：公司应严格遵守税法规定，按照实际发放的工资薪金所得代扣代缴个人所得税，并及时上缴税务部门。同时，公司应建立健全的财务管理制度，确保工资发放的准确性和合规性。
- 员工角度：虽然员工不起诉并不直接影响税务稽查，但员工有权了解自己的工资发放情况，并确保公司按照税法规定代扣代缴个人所得税。如果员工发现公司存在违法行为，可以向税务部门举报或寻求法律援助。
额外提醒：税务稽查是税务部门的重要职责之一，旨在确保税收的合法性和准确性。因此，无论是公司还是员工，都应积极配合税务部门的稽查工作，提供必要的资料和协助。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。