在商标侵权案件中，如果工商行政管理部门决定不起诉，而是直接进行行政处罚，那么他们会依据相关法律法规，采取一系列严格且全面的处罚措施。以下是对这些处罚措施的详细解释：
一、责令停止侵权行为
工商部门在发现商标侵权行为后，首要任务是责令侵权方立即停止侵权行为。这包括：
- 立即停止销售侵权商品：侵权方必须马上中止所有侵犯他人注册商标专用权的行为，如销售带有侵权商标的商品。
- 没收、销毁侵权物品：工商部门会依法没收市场上的侵权商品，以及专门用于制造这些侵权产品、伪造注册商标标识的工具，以防止侵权行为继续发生。
二、罚款处罚
根据《商标法》及相关法律法规，工商行政管理部门会根据侵权行为的情节严重程度，对侵权方处以相应的罚款。具体罚款标准如下：
对于尚未构成犯罪的商标侵权行为：
- 可以处以非法经营额5倍以下或侵权所获利润5倍以下的罚款。非法经营额是指侵权人通过实施侵权行为所涉及的商品或服务的价值总额；侵权所获利润则是指侵权人通过侵权行为所获得的纯利润。
- 若侵权行为没有违法经营额或违法经营额不足五万元，可处二十五万元以下的罚款。
- 对侵权单位的直接责任人员，可根据情节处以1万元以下的罚款。
从重处罚情形：
- 对于五年内实施两次以上商标侵权行为或有其他严重情节的，工商部门将依法从重处罚，以体现对重复侵权和严重侵权行为的严厉打击。
三、移送司法机关处理（虽非直接处罚，但为重要后续措施）
如果商标侵权行为构成犯罪，如假冒注册商标、销售伪劣产品等严重侵权行为，工商部门在行政处罚的同时，还会及时将案件移送司法机关，依法追究侵权人的刑事责任。这是工商部门在打击商标侵权行为中的重要职责之一。
四、调解与诉讼途径（虽非直接处罚，但为解决纠纷的重要方式）
调解：
- 工商部门可以根据当事人的请求，就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解。通过调解，可以促进双方和解，减少诉讼成本，提高纠纷解决效率。
诉讼：
- 如果调解不成，或者当事人对工商行政管理部门的处理决定不服，可以自收到处理通知之日起十五日内，依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。
综上所述，工商部门对商标侵权的处罚措施是全面而严格的，旨在通过多种手段有效打击商标侵权行为，保护商标所有人的合法权益，维护健康的市场秩序和公平竞争环境。希望这些解释能帮助您更好地理解工商部门在商标侵权案件中的处罚措施。