在商标侵权案件中，若侵权人没有违法经营额，其处罚方式主要依据《中华人民共和国商标法》第六十三条来确定，具体如下：
法定赔偿：
- 当权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费均难以确定时，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五百万元以下的赔偿。这是商标法对赔偿数额的上限规定，即使侵权人没有违法经营额，法院也会根据侵权行为的严重性、持续时间、影响范围等因素，在五百万元以下酌情判决赔偿数额。
考虑合理开支：
- 在确定赔偿数额时，人民法院还会考虑权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如调查取证费用、律师费用等。这些费用将被计入赔偿数额中，即使侵权人没有违法经营额，也需要承担这部分费用。
惩罚性赔偿（如适用）：
- 如果侵权行为被认定为恶意侵犯商标专用权，且情节严重，法院可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。这是对恶意侵权行为的惩罚性赔偿，旨在严厉打击恶意侵权行为，保护商标权人的合法权益。不过，这一条款的适用需要满足一定的条件，即侵权行为必须是恶意的，且情节严重。
举例说明：
假设某公司未经许可使用了另一公司的注册商标，但并未通过该侵权行为获得任何违法经营额（例如，尚未开始销售侵权产品就被查处）。在此情况下，如果权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费均难以确定，法院可能会根据侵权行为的情节（如侵权行为的持续时间、影响范围、侵权人的主观恶意程度等）判决给予一定数额的赔偿，这个数额将在五百万元以下。同时，如果权利人为了制止侵权行为支付了调查取证费用、律师费用等合理开支，这些费用也将被计入赔偿数额中。
建议：
- 对于商标权人而言，一旦发现商标被侵权，应及时收集证据，包括侵权行为的证据、自身损失的证据等，以便在诉讼中主张自己的权益。
- 对于侵权人而言，即使没有违法经营额，也可能面临法律制裁和赔偿责任。因此，应尊重他人的商标权，避免侵权行为的发生。
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