当学历被公司查出来存在不实情况时，处理方式主要取决于公司的规章制度、劳动合同中的相关条款以及实际情况的严重性。以下是一些详细的分析和处理方式：

一、公司规章制度与劳动合同条款

1. 规章制度：许多公司在其规章制度中明确规定了员工应如实提供个人信息，包括学历等关键信息。如果员工提供虚假信息，公司有权依据规章制度进行相应处理。

2. 劳动合同：在劳动合同中，公司可能会明确列出录用条件，包括学历要求。如果员工在入职时提供的学历信息与实际不符，且这一信息是录用条件的重要组成部分，那么公司有权以“不符合录用条件”为由解除劳动合同。

二、处理方式

1. 解除劳动合同：

   • 如果员工在试用期内被发现学历造假，且这一信息是录用条件的关键部分，公司可以依据《劳动合同法》第三十九条第(一)项的规定，在试用期内单方解除劳动合同，且无须支付经济补偿。
   • 如果员工已经过了试用期，但公司仍然发现其学历造假，且这一行为严重违反了公司的规章制度或劳动合同中的相关条款，公司也有权解除劳动合同。不过，在这种情况下，公司可能需要支付一定的经济补偿，具体取决于劳动合同的约定和当地法律法规的规定。

2. 降薪或调岗：

   • 在某些情况下，公司可能选择不直接解除劳动合同，而是采取降薪或调岗等措施。这通常取决于学历造假对员工工作表现的影响程度以及公司的具体政策。

3. 法律追究：

   • 如果学历造假行为严重到构成欺诈，且给公司造成了重大损失，公司还有权通过法律途径追究员工的责任，包括要求赔偿损失等。

三、实际案例参考

• 在您提供的第一个案例中，马某在入职时虚报学历，且在学信网上查不到其学历信息。公司依据“录用条件确认书”中的规定，以马某不符合录用条件为由解除了劳动合同，且无须支付经济补偿。
• 在第二个案例中，刘某通过编造虚假学历及虚假工作经历入职郑某公司。公司发现后，以刘某违反诚信原则为由解除了劳动合同，并主张无需支付违法解除劳动关系赔偿金。法院最终支持了公司的主张。

四、建议

• 对员工：诚实守信是职场的基本准则。在求职过程中，应如实提供个人信息和学历等关键信息，避免因为一时的侥幸心理而给自己带来不必要的麻烦和损失。
• 对公司：在招聘过程中，应加强对员工信息的审核力度，确保员工提供的学历等关键信息真实可靠。同时，在规章制度和劳动合同中明确列出录用条件和违约责任，以便在发现员工学历造假时能够依法进行处理。

综上所述，当学历被公司查出来存在不实情况时，公司有权依据规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行处理。员工应诚实守信，避免提供虚假信息；公司应加强审核力度，确保员工信息的真实性。