若发现商务秘书公司存在违法行为，可按以下方式处理：

1. 收集并固定证据

   • 核心要点：证据是后续维权或举报的关键，需全面收集与违法行为相关的材料。
   • 具体操作：包括但不限于合同、付款记录、沟通记录（如邮件、微信、短信）、公司宣传资料、证人证言等。若涉及财务违规，可要求提供审计报告或银行流水；若涉及虚假宣传，可保存网页截图或广告视频。
   • 注意事项：证据需真实、合法，避免通过非法手段获取（如窃听、偷拍），否则可能影响证据效力。

2. 向监管部门举报

   • 核心要点：根据违法行为类型，选择对应的监管部门进行举报。
   • 具体操作：
     • 市场监管部门：若公司存在虚假宣传、无照经营、超范围经营等行为，可向当地市场监督管理局举报。
     • 税务部门：若涉嫌偷税漏税，可向税务局举报。
     • 公安部门：若涉及诈骗、非法集资等刑事犯罪，可直接向公安机关报案。
   • 注意事项：举报时需提供详细证据和线索，并配合调查。若举报属实，监管部门会依法处罚，甚至吊销营业执照。

3. 通过法律途径维权

   • 核心要点：若违法行为已造成损失（如经济损失、名誉损害），可通过诉讼或仲裁要求赔偿。
   • 具体操作：
     • 民事诉讼：向法院提起诉讼，要求公司承担违约责任或侵权责任（如赔偿损失、赔礼道歉等）。
     • 行政诉讼：若监管部门未依法履职，可提起行政诉讼，要求其履行职责或撤销错误决定。
   • 注意事项：诉讼需在法定时效内提起（一般为3年），并准备充分的证据和法律依据。

4. 联合其他受害者共同维权

   • 核心要点：若多人受损，可联合起来共同举报或起诉，增强维权力度。
   • 具体操作：通过社交媒体、行业协会等渠道联系其他受害者，共同收集证据、聘请律师，甚至向媒体曝光以形成舆论压力。
   • 注意事项：联合维权需避免过激行为（如聚众闹事），否则可能涉嫌违法。

5. 防范未来风险

   • 核心要点：在选择商务秘书公司时，需提前审查其资质和信誉，避免再次受损。
   • 具体操作：
     • 查资质：通过国家企业信用信息公示系统查询公司是否合法注册、有无行政处罚记录。
     • 签合同：明确服务内容、费用、违约责任等条款，避免口头协议。
     • 留证据：保存所有沟通记录和付款凭证，以备不时之需。

总结：发现商务秘书公司违法后，应优先固定证据，再根据违法行为类型选择举报部门或法律途径。若损失较大，建议尽快咨询专业律师（即我）制定具体方案。