施工单位擅自隐蔽工程，属于违约行为，建设单位有权要求其承担相应责任，具体处理方式需结合实际情况选择。以下是详细分析：

1. 立即制止并要求整改
   建设单位发现施工单位擅自隐蔽工程时，应第一时间书面通知施工单位停止施工，并要求其立即拆除隐蔽部分，恢复原状以便验收。若施工单位拒绝配合，建设单位可采取进一步措施（如停工、委托第三方检测等）固定证据，避免损失扩大。

2. 固定证据并委托检测
   若隐蔽工程已无法直接验收，建设单位应立即委托有资质的第三方检测机构对隐蔽部分进行质量检测，并留存检测报告、照片、视频等证据。若检测结果不合格，施工单位需承担返工、修复费用及工期延误责任；若合格，建设单位仍可追究其擅自隐蔽的违约责任。

3. 依据合同主张违约责任
   根据《民法典》第五百七十七条，施工单位未按合同约定履行义务（如未报验擅自隐蔽），构成违约。建设单位可依据合同条款要求其承担违约金、赔偿损失（如返工费用、工期延误损失等），甚至解除合同。若合同未明确约定，可参考行业惯例或实际损失主张赔偿。

4. 向行政主管部门投诉或申请仲裁/诉讼
   若协商无果，建设单位可向当地建设行政主管部门投诉，要求对施工单位违规行为进行处罚（如罚款、停业整顿等）。同时，可根据合同约定申请仲裁或向法院起诉，通过法律途径强制施工单位承担责任。

建议：处理此类纠纷时，建设单位应优先通过书面形式固定证据（如发函、检测报告等），避免口头沟通导致举证困难。若涉及复杂技术问题，可提前咨询工程专家或律师，确保主张合理合法。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。