案件结束后公安局仍冻结银行卡是否合法，需分情况讨论：

1. 若冻结程序合法且存在继续冻结的法定事由：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条的规定，对查封、扣押的财物、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除查封、扣押、冻结，予以退还。但若案件虽已结束，但存在其他关联案件或需要进一步调查的情况，且冻结程序本身合法（如已依法出具冻结手续、符合冻结期限等），则公安局可能继续冻结银行卡，此时是合法的。
   • 举例：假设某案件涉及诈骗，银行卡作为涉案账户被冻结。案件结束后，发现该银行卡还与其他诈骗案件有关联，需要进一步调查，此时公安局继续冻结银行卡是合法的。

2. 若冻结程序违法或不存在继续冻结的法定事由：

   • 如果公安局在冻结银行卡时未遵循法定程序（如未出具冻结手续、超过冻结期限等），或者案件已经彻底结束，且不存在其他关联案件或需要进一步调查的情况，那么公安局继续冻结银行卡就是违法的。
   • 举例：某案件已经审理完毕，且银行卡与案件无关，但公安局未在规定时间内解除冻结，此时继续冻结就是违法的。

法律建议：

• 如果您认为公安局冻结银行卡的行为违法，您可以先与公安局沟通，了解冻结的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，您可以向当地检察院申请法律监督，要求检察院对公安局的冻结行为进行审查。
• 同时，您也可以考虑通过行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公安局的冻结行为合法，那么您需要配合调查，等待冻结解除。
• 如果公安局的冻结行为违法，那么您有权要求公安局解除冻结，并可能获得相应的赔偿。

在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如冻结通知、案件审理材料等，以便在需要时提供证明。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。