事业单位职工值夜班后，补休的具体安排需结合单位规章制度及国家相关法律法规综合判断，通常遵循“同等时间补休”或“支付加班工资”的原则。以下是具体分析：

1. 单位规章制度优先
   根据《事业单位人事管理条例》及单位内部规章制度，补休方式通常由单位自行规定。例如，部分单位会明确“值夜班后可在X日内安排同等时长补休”，或规定“补休需提前申请并经部门负责人批准”。建议优先查阅单位《考勤管理办法》《加班管理制度》等文件，或咨询人事部门确认具体流程。

2. 法定补休规则
   若单位未明确规定，可参考《劳动法》第四十四条：

   • 工作日夜班：若夜班时间超出正常工作时间（如8小时），超出部分应安排补休或支付150%工资；
     
   • 休息日夜班：若无法安排补休，需支付200%工资；
     
   • 法定节假日夜班：无论是否补休，均需支付300%工资。
     注：事业单位职工是否适用《劳动法》需结合单位性质（如参照公务员法管理的事业单位可能适用其他规定），建议以单位实际执行标准为准。

3. 补休时间限制
   即使单位允许补休，通常也会设定合理期限（如“3个月内补休完毕”），逾期未休可能视为自动放弃或需支付加班工资。具体期限需以单位规定为准。

4. 争议解决途径
   若单位拒绝补休且未支付加班工资，可通过以下方式维权：

   • 内部协商：与部门负责人或人事部门沟通，明确诉求；
     
   • 投诉举报：向单位上级主管部门或劳动监察部门反映情况；
     
   • 申请仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需注意事业单位职工仲裁程序可能略有差异）。

建议行动：

1. 立即查阅单位规章制度，确认补休具体规定；
   
2. 保留值夜班记录（如考勤表、排班表）作为证据；
   
3. 若单位规定不明确或存在争议，可直接向我咨询具体解决方案。