针对您提出的“已经申请了国家新品种保护玉米种子然后遭遇单亲侵权怎么处理”这一问题，核心结论是：您可以通过行政查处、民事诉讼两种主要途径来维护自身权益，具体选择取决于侵权情节、维权成本及您的诉求。以下从法律程序、证据收集、维权策略三个角度展开分析：

一、法律程序选择：行政查处或民事诉讼

1. 行政查处（快速制止侵权）
   根据《植物新品种保护条例》及《种子法》，您可向县级以上农业农村部门举报，要求对侵权方进行查处。行政机关有权采取查封、扣押侵权种子、没收违法所得、罚款等措施（罚款上限可达违法所得的5倍）。优势：程序相对简便、查处速度快，适合侵权行为明显、需快速制止的情况；注意：行政处罚不直接涉及赔偿，若需索赔需另行提起民事诉讼。

2. 民事诉讼（主张赔偿与禁令）
   您可直接向法院起诉侵权方，要求其停止侵权（如停止生产、销售侵权种子）、赔偿损失（包括实际损失或侵权方获利，还可主张维权合理支出如律师费、检测费）。关键证据：需证明您拥有品种权、侵权方实施了生产/销售行为、侵权种子与授权品种具有同一性（通常需通过DNA鉴定或田间种植对比）。优势：可主张全面赔偿，法院可发布禁令（如诉前禁令）防止侵权扩大；注意：诉讼周期较长，需提前准备证据。

二、证据收集：锁定侵权事实的核心环节

无论选择行政还是司法途径，证据是维权的关键。需重点收集以下证据：

• 品种权证明：国家颁发的《植物新品种权证书》，证明您对玉米种子的独占权；
  
• 侵权行为证据：侵权种子的购买凭证、包装、标签、宣传资料，侵权方生产/销售现场的照片、视频，证人证言等；
  
• 同一性鉴定：委托农业农村部授权的检测机构（如中国农业科学院作物科学研究所）出具鉴定报告，证明侵权种子与授权品种在基因或性状上相同；
  
• 损失证据：若主张实际损失，需提供因侵权导致的销量减少、价格下降等证明；若主张侵权方获利，可申请法院调取侵权方的财务记录。

三、维权策略：根据侵权情节灵活应对

1. 轻微侵权（如小规模销售）：可先通过律师函警告，要求侵权方停止销售并赔偿，若对方配合可快速解决；
   
2. 大规模侵权（如跨区域生产、销售）：建议同步向农业农村部门举报和向法院起诉，申请诉前禁令冻结侵权方资产，防止损失扩大；
   
3. 反复侵权：若侵权方曾被处罚或诉讼后仍继续侵权，可主张惩罚性赔偿（《种子法》第72条明确对恶意侵权可适用1-5倍惩罚性赔偿）。

最后提醒：植物新品种权保护具有强专业性，建议委托同时具备农业知识产权和诉讼经验的律师代理，以提高维权效率。若您需要进一步分析侵权情节或制定具体方案，可直接向我咨询，我会结合您的证据情况提供详细建议。