项目扣款是否应算施工单位，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度
若施工合同中明确约定了扣款情形（如质量不达标、工期延误、材料不合格等），且施工单位确实存在违约行为，则扣款通常应由施工单位承担。例如，合同约定“因施工质量问题导致返工的，发包方有权扣除相应工程款”，此时若发生质量问题，扣款合法合理。
建议：施工单位在签订合同时，应仔细审查扣款条款，避免模糊表述或不合理约定；若已签订合同，可主张扣款金额需与实际损失相当，避免发包方滥用权利。
责任归属角度
若扣款原因非施工单位导致（如设计缺陷、发包方供应材料问题、第三方干扰等），则扣款不应由施工单位承担。例如，因发包方提供的图纸错误导致返工，施工单位可主张免责，并要求发包方补偿损失。
建议：施工单位需保留证据（如沟通记录、监理报告、第三方检测报告等），证明扣款原因与自身无关，必要时可通过法律途径主张权益。
法定情形角度
根据《民法典》及《建设工程质量管理条例》，若施工单位存在违法行为（如偷工减料、未经验收擅自使用等），发包方有权扣款甚至追究更重责任。但若发包方扣款超出法定范围或未履行通知义务，施工单位可提出异议。
建议：施工单位应严格遵守法律法规，避免因违法行为导致扣款；若认为扣款违法，可向建设行政主管部门投诉或提起诉讼。
程序合规角度
即使扣款有合同或法律依据，发包方也需按约定程序操作（如提前通知、提供扣款明细、允许施工单位申辩等）。若程序违法（如未通知直接扣款），施工单位可主张扣款无效。
建议：施工单位在收到扣款通知时，应要求发包方提供详细依据和计算方式，并在合同约定或法定期限内提出异议。
总结：项目扣款是否应算施工单位，需结合合同约定、责任归属、法定情形及程序合规性综合判断。若您遇到具体扣款纠纷，可提供合同文本、扣款通知等材料，我将进一步为您分析法律风险及应对策略。