职务侵占罪中行为人变卖公司药品的侵占金额，一般按照变卖药品的实际所得金额来计算，但需结合具体情况综合判断。具体分析如下：

1. 以实际变卖所得金额为准
   职务侵占罪的侵占金额通常以行为人实际非法占有的财物价值计算。若行为人将公司药品变卖，且变卖价格符合市场合理价值（如按市场价或略低于市场价出售），则直接以变卖所得金额作为侵占金额。例如，行为人将价值10万元的药品以9万元变卖，侵占金额即为9万元。

2. 需扣除合理成本（如有）
   若行为人在变卖过程中支付了合理成本（如运输费、中介费等），且能提供证据证明，则可能从变卖所得中扣除该部分成本后计算侵占金额。但需注意，成本必须合理且与变卖行为直接相关，若成本明显过高或与变卖无关（如个人消费），则不得扣除。

3. 特殊情形下的金额认定

   • 低价变卖或无偿转让：若行为人以明显低于市场价的价格变卖药品（如以成本价或更低出售），或直接无偿转让给他人，则可能按药品的市场价值（而非实际变卖金额）计算侵占金额。例如，药品市场价10万元，行为人以1万元变卖，侵占金额仍可能按10万元认定。
     
   • 药品已灭失或无法追回：若药品已被消耗、毁损或无法追回，且无法确定实际变卖金额，则可能按药品的采购成本、市场价值或其他合理方式估算侵占金额。此时需结合证据（如采购发票、库存记录等）综合判断。

4. 证据收集与金额认定的关键性
   无论采用何种计算方式，证据的充分性是认定侵占金额的核心。需重点收集以下证据：

   • 药品的采购发票、入库单、库存记录等，证明药品的原始价值；
     
   • 变卖合同的、转账记录、收据等，证明实际变卖金额；
     
   • 证人证言（如买家、同事等），佐证变卖行为及金额；
     
   • 鉴定意见（如价格认证中心出具的评估报告），确定药品的市场价值。

温馨提示：职务侵占罪的金额认定直接影响定罪量刑，若涉及复杂情形（如多次侵占、部分退赃等），建议结合具体证据和司法实践进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的案件细节提供更精准的建议。