补缴土地出让金的核算部门是自然资源主管部门（原国土资源部门），相关法律法规依据及具体分析如下：

1. 核算主体：自然资源主管部门
   根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第十六条及《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四条，土地出让金由县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源局）负责核算。具体流程为：

   • 自然资源部门根据土地用途、出让年限、容积率等条件，结合基准地价或评估价格，计算应补缴的土地出让金数额；
     
   • 核算结果需经同级财政部门审核，最终由自然资源部门出具《补缴土地出让金通知书》。

2. 法律依据

   • 《城市房地产管理法》（2019修正）
     第十六条明确规定：“土地使用者必须按照出让合同约定，支付土地使用权出让金；未按照出让合同约定支付土地使用权出让金的，自然资源主管部门有权解除合同，并可以请求违约赔偿。”
     
   • 《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》（2020修订）
     第十四条指出：“土地使用者应当在签订土地使用权出让合同后六十日内，支付全部土地使用权出让金。逾期未支付的，自然资源主管部门有权解除合同，并可以请求违约赔偿。”
     
   • 《协议出让国有土地使用权规定》（国土资源部令第21号）
     第五条规定：“协议出让最低价不得低于新增建设用地的土地有偿使用费、征地（拆迁）补偿费用以及按照国家规定应当缴纳的有关税费之和；有基准地价的地区，协议出让最低价不得低于出让地块所在级别基准地价的70%。”
     该条款间接规范了补缴土地出让金的核算标准。

3. 特殊情形下的核算主体

   • 划拨土地转出让：若土地使用权人将划拨土地转为出让土地，需补缴土地出让金，核算主体仍为自然资源部门，但需依据《划拨土地使用权管理暂行办法》第二十六条，结合土地评估价格确定补缴金额。
     
   • 改变土地用途或容积率：根据《城市房地产管理法》第十八条，土地使用者需变更原出让合同约定的土地用途或容积率的，必须经自然资源部门和城市规划部门批准，并重新签订出让合同，补缴土地出让金差额。核算主体仍为自然资源部门，但需以规划部门出具的变更意见为依据。

4. 争议解决途径
   若对补缴金额有异议，可采取以下措施：

   • 行政复议：向上一级自然资源部门或同级人民政府申请复议；
     
   • 行政诉讼：直接向人民法院提起诉讼，要求撤销或变更补缴决定。
     

总结：补缴土地出让金的核算主体为自然资源主管部门，法律依据包括《城市房地产管理法》《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等。若涉及特殊情形（如划拨转出让、用途变更），需结合相关法规综合判断。如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。