土地出让滞纳金的追缴部门通常与土地出让合同的执行和管理部门相关。在我国，土地出让合同一般由自然资源管理部门（如规划和自然资源局、土地管理局等）负责签订和管理。因此，当涉及土地出让滞纳金追缴时，一般也是由这些部门来负责。

具体来说，如果拿地企业未按时缴纳土地出让金并产生滞纳金，自然资源管理部门会首先进行核定，确定滞纳金的金额，并向用地单位下达缴款通知。如果用地单位未按要求缴纳滞纳金，自然资源管理部门将依法进行追缴。

此外，追缴滞纳金的具体程序可能因地区而异。例如，在一些地区，自然资源管理部门可能会与项目用地属地政府、旧改办等相关部门进行沟通和协调，共同推进滞纳金的追缴工作。如果因企业自身原因造成的未按期缴纳土地出让金，将严格征缴土地出让金滞纳金；如果因基础设施不到位、拆迁未完成等政府原因或司法查封原因造成的未按期缴纳土地出让金，可能会根据相关政策进行免征或减征。

总之，土地出让滞纳金的追缴部门主要是自然资源管理部门，但具体程序可能因地区和政策而异。如果您面临相关问题，建议咨询当地自然资源管理部门或相关法律专业人士以获取更具体的解答和帮助。