小区封闭式管理限制非登记车辆进入是否合法，需结合具体情况及法律法规来判断，以下分情况说明：
合法情形
依据合同约定：
- 若小区建设单位、业主委员会与物业服务企业在物业服务合同中明确约定了非登记车辆禁止进入，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则此行为合法。例如，一些高档封闭式小区，为保障业主的居住安全和秩序，会在合同中明确规定禁止非登记车辆入内，物业公司按合同履行管理职责，属于合法行为。
基于管理需要：
- 在特定情况下，如车位严重不足、施工改造、举办大型活动等，为保障小区秩序和业主安全，禁止非登记车辆入内是合理且合法的。比如，小区进行地下车库大规模维修施工时，临时禁止非登记车辆入内，可以避免交通拥堵和安全隐患。
符合业主共同决定：
- 根据《中华人民共和国民法典》，业主可通过合法程序（如召开业主大会）共同决定建筑区划内的相关事项。若经专有部分面积占比三分之二以上的业主且人数占比三分之二以上的业主参与表决，并经过半数同意，决定禁止非登记车辆入内，则该决定对全体业主具有约束力，物业公司执行此决定属于合法行为。
符合管理规约：
- 如果小区业主大会或业主委员会依据《物业管理条例》等相关法律法规制定了管理规约，且规约中明确规定了非登记车辆禁止入内，同时该规定未侵犯他人合法权益或违反公序良俗，则此规定合法，物业公司和相关人员有权按照此规定执行。
不合法情形
违反法律法规：
- 若小区禁止非登记车辆进入的规定违反了相关法律法规的强制性规定，则为不合法。例如，在发生火灾、医疗急救等紧急情况时，拒绝消防车辆、救护车等特种车辆进入，就违反了《中华人民共和国消防法》《中华人民共和国突发事件应对法》等法律法规，这种禁止行为是不合法的。
构成不合理差别对待：
- 若小区禁止非登记车辆进入的规定缺乏合理理由，构成对特定群体的不合理差别对待，也可能被认定为不合法。比如，仅因车辆品牌、颜色等与小区业主车辆不同而禁止进入，而未基于安全、秩序等合理因素考虑，就可能侵犯他人的合法权益。
擅自设立规定：
- 若物业或相关人员未经合法程序擅自设立“非登记车辆禁止入内”的规定，或者该规定侵犯了业主或其他人的合法权益（如正常通行权），则此规定可能不合法。
应对措施与建议
- 沟通与协商：如果业主或访客认为小区限制非登记车辆进入的规定不合理或不合法，首先可以尝试与物业进行沟通，了解具体的限制原因和依据，并提出自己的意见和建议。
- 向业主委员会反映：如果沟通无果，可以向业主委员会反映情况，请求其介入调查并协调解决。
- 向相关部门投诉：如果问题仍然无法解决，可以向当地住房城乡建设部门、物业管理协会等相关部门进行投诉，寻求法律援助和维权支持。
- 法律途径：在必要时，也可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
总结来说，小区封闭式管理限制非登记车辆进入的合法性需结合具体情况进行判断，包括规定的制定程序、内容以及执行情况等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。