核心结论：合同中明确约定收取两次费用，是否合法有效以及如何处理，需结合费用性质、合同条款合法性、双方协商情况及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 审查合同条款的合法性

• 合法情形：若两次收费均基于合理服务内容（如首次为服务费，第二次为附加服务或后续维护费），且未违反法律强制性规定（如行业收费标准、政府指导价等），则合同条款有效，双方应按约履行。
• 违法情形：若收费项目属于法律禁止的“重复收费”“变相涨价”或违反《价格法》《消费者权益保护法》等（如同一服务分阶段重复收费且无合理依据），则条款可能被认定为无效，您有权拒绝支付或要求退还。

2. 分析费用性质与合同目的

• 服务对价：若两次收费对应不同服务阶段（如首次为签约费，第二次为履行费），且合同明确约定各阶段服务内容，则属于合法对价，您需按约支付。
• 显失公平：若两次收费明显超出合理范围（如市场同类服务仅需一次收费，但合同约定双倍费用），且您在签约时处于弱势地位（如信息不对称、被迫接受），可能构成“显失公平”，您可依据《民法典》第151条请求撤销合同或调整费用。

3. 协商与法律救济途径

• 协商解决：建议首先与对方沟通，要求说明两次收费的合理依据（如服务清单、成本构成），若对方无法提供或协商无果，可进入下一步。
• 投诉或诉讼：
  • 若涉及消费者权益（如个人接受服务），可向12315投诉或通过消费者协会调解；
  • 若涉及商业合同，可依据《民法典》第577条起诉对方违约，要求返还多收费用或赔偿损失；
  • 若收费违法（如无资质收费、超范围收费），可向市场监管部门举报。

4. 风险提示与建议

• 证据保留：保存合同、付款凭证、沟通记录等，证明对方重复收费的事实；
• 合同审查：未来签约时，务必明确服务内容、收费标准及支付方式，避免模糊条款；
• 专业协助：若涉及复杂合同或大额费用，建议委托律师审查条款合法性，降低风险。

总结：合同约定两次收费不一定违法，需结合费用合理性、合同目的及法律规定判断。建议您先与对方协商，若无法解决，再通过投诉或诉讼维权。如有进一步细节（如合同类型、收费项目等），可随时向我咨询，我会为您详细分析。