撤销市场主体登记确实适用市场监管行政许可程序的相关规定，但具体适用时需结合相关法律法规及实际情况进行综合判断。以下是对此问题的详细解答：

首先，从法律依据的角度来看，撤销市场主体登记的行为通常与行政许可的撤销紧密相关。在您提供的案例中，无论是江门市市场监督管理局还是深圳市市场监督管理局，在撤销市场主体登记时，都明确引用了《中华人民共和国行政许可法》的相关规定。例如，江门市市场监督管理局依据《中华人民共和国行政许可法》第六十九条第二款“被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，应当予以撤销”的规定，撤销了江门市杉达科技有限公司的市场主体登记。这表明，在市场主体通过不正当手段取得登记的情况下，撤销登记是符合行政许可法规定的。

其次，市场监管行政许可程序规定通常涵盖了行政许可的申请、受理、审查、决定、撤销等各个环节。在撤销市场主体登记的过程中，市场监管部门需要遵循一定的程序，包括调查取证、告知当事人权利、听取当事人陈述申辩、作出撤销决定等。这些程序旨在保障当事人的合法权益，确保撤销决定的合法性和公正性。例如，在深圳市市场监督管理局的案例中，该局在拟作出撤销决定前，依法向当事人送达了《撤销经营主体登记(备案)告知书》，并告知了当事人陈述、申辩或要求听证的权利。当事人在法定期限内未提出相关请求后，该局才作出了撤销决定。

此外，撤销市场主体登记还需考虑《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规的规定。这些法规对市场主体登记的条件、程序、撤销情形等作出了具体规定，为市场监管部门撤销市场主体登记提供了明确的法律依据。例如，根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第四十条的规定，提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，受虚假市场主体登记影响的自然人、法人和其他组织可以向登记机关提出撤销市场主体登记的申请。登记机关受理申请后，应当及时开展调查，经调查认定存在虚假市场主体登记情形的，登记机关应当撤销市场主体登记。

综上所述，撤销市场主体登记是适用市场监管行政许可程序规定的。在具体操作中，市场监管部门需依据相关法律法规的规定，遵循一定的程序进行撤销决定，以保障当事人的合法权益和撤销决定的合法性。如果您对撤销市场主体登记的具体程序或相关法律法规有进一步疑问，欢迎随时咨询。