在发生以店名卖货但以另一个公司账户收货款，进而产生纠纷的情况下，确定以哪个公司为主体进行申诉，需根据具体情况综合分析，以下是一些关键角度和考虑因素：

1. 合同关系与交易主体：

   • 首先，需要审查销售合同或交易协议中的条款，明确合同中约定的销售方和收款方。如果合同中明确规定了销售方为某店（或某公司），而收款方为另一公司，但合同中并未特别说明收款方与销售方的关系或收款行为的性质，那么从合同相对性的原则出发，原则上应以合同中约定的销售方作为申诉主体。
   • 如果合同中存在模糊或不明确之处，或者合同并未直接涉及收款方的身份和角色，那么需要进一步分析交易的实际履行情况。

2. 交易实际履行情况：

   • 分析交易过程中，货物的交付、发票的开具、售后服务的提供等实际行为是由哪个主体进行的。如果这些行为主要由某店（或某公司）完成，而收款行为虽然由另一公司进行，但可能是基于某种合作或代理关系，那么在申诉时，应重点考虑实际履行交易的主体。
   • 如果收款公司实际上参与了交易过程，如提供了部分服务、承担了部分责任等，那么可能需要考虑将收款公司也纳入申诉范围，或者根据具体情况确定其法律地位。

3. 资金流向与财务关系：

   • 考察货款的实际流向和财务关系。如果货款虽然打入了另一公司的账户，但该账户实际上是由某店（或某公司）控制或使用的，或者该款项最终用于了某店（或某公司）的经营活动，那么在申诉时，可以主张收款行为实际上是某店（或某公司）的行为。
   • 如果收款公司与某店（或某公司）之间存在明确的财务关系，如资金借贷、合作投资等，且这种关系与交易纠纷有直接关联，那么也需要考虑这种财务关系对申诉主体的影响。

4. 法律主体资格与诉讼策略：

   • 确保所选的申诉主体具有法律主体资格，即能够独立承担民事责任。如果某店是个体工商户或个人独资企业等不具备独立法人资格的主体，而收款公司是具备独立法人资格的公司，那么在选择申诉主体时，需要考虑这种法律主体资格的差异对诉讼结果的影响。
   • 根据诉讼策略和实际情况，选择最有利于维护自身权益的申诉主体。例如，如果收款公司具有较强的经济实力或信誉度，且其收款行为与交易纠纷有直接关联，那么选择收款公司作为申诉主体可能更有利于追回货款或获得赔偿。

在处理此类纠纷时，建议采取以下步骤：

• 收集并整理所有与交易相关的证据材料，包括合同、发票、交货单、付款凭证等。
• 分析证据材料，明确合同关系、交易实际履行情况、资金流向与财务关系等关键事实。
• 咨询专业律师，根据具体情况和法律规定，确定最合适的申诉主体和诉讼策略。
• 准备并提交申诉材料，积极参与诉讼过程，维护自身合法权益。

最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理此类纠纷时，应充分考虑各种因素，并根据实际情况做出明智的决策。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。