关于主合同和担保合同发生纠纷的管辖问题，结论前置如下：
- 有仲裁条款时，遵循仲裁条款：若主合同或担保合同中约定了仲裁条款，且该条款有效，则担保纠纷应通过仲裁方式解决，法院无管辖权。
- 无仲裁条款或仲裁条款无效时，根据合同类型确定管辖：若主合同和担保合同均未约定仲裁条款，或仲裁条款无效，则根据债权人起诉的对象和合同类型来确定管辖法院。债权人一并起诉债务人和担保人的，根据主合同确定管辖法院；债权人依法可以单独起诉担保人且仅起诉担保人的，根据担保合同确定管辖法院。
详细分析如下：
一、有仲裁条款时的管辖
- 仲裁条款的效力：仲裁条款作为主合同或担保合同中的一部分，具有相对独立性。即使主合同无效或被撤销，仲裁条款在符合法定有效情形的情况下仍然有效。根据《中华人民共和国仲裁法》第五条：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”因此，当主合同或担保合同中存在有效的仲裁条款时，担保纠纷应通过仲裁方式解决，法院无管辖权。
- 仲裁条款的适用范围：如果主合同中约定了仲裁条款，且担保合同（无论是单独订立还是从属于主合同）未明确排除该仲裁条款的适用，那么担保纠纷通常应受该仲裁条款的约束。
二、无仲裁条款或仲裁条款无效时的管辖
根据合同类型确定管辖：
- 债权人一并起诉债务人和担保人：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》第二十一条，债权人一并起诉债务人和担保人的，应当根据主合同确定管辖法院。这是因为主合同是基础法律关系，担保合同是为保障主合同债权实现而设立的，因此主合同的管辖法院对担保合同纠纷也有管辖权。
- 债权人依法可以单独起诉担保人且仅起诉担保人：同样根据上述司法解释，债权人依法可以单独起诉担保人且仅起诉担保人的，应当根据担保合同确定管辖法院。此时，担保合同作为独立的合同，其管辖法院应依据担保合同本身的约定或法律规定来确定。
特殊情形下的管辖：
- 担保物权实现纠纷：在某些特殊情况下，如担保物权实现纠纷，可能会有特别的管辖规定。例如，担保物所在地法院可能对担保物权实现纠纷有管辖权。此时，应依据相关特别规定来确定管辖法院。
- 专属管辖：若担保财产为不动产或港口作业设施，即使合同约定其他管辖法院，仍需遵守《民事诉讼法》第三十四条关于不动产专属管辖的规定。即因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖。
三、实务操作建议
- 明确约定管辖：在主合同和担保合同中统一约定管辖法院或仲裁机构，避免管辖冲突。约定时，应确保采用书面形式，选择与争议有实际联系的地点的人民法院，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 审查管辖条款有效性：确保约定符合法律强制性规定（如专属管辖、级别管辖），避免因条款无效导致诉累。例如，提供格式条款一方若不合理加重对方诉讼负担（如指定偏远地区法院），可能被认定管辖条款无效。
- 关注涉外因素：涉及跨境担保时，需区分独立保函与普通担保，正确适用法律及管辖规则。例如，涉外独立保函纠纷可依据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》第二十一条，由被告住所地或保函载明开立机构所在地法院管辖。
示例说明：
假设甲向乙借款并签订借款合同（主合同），同时丙为甲的债务提供抵押担保并签订抵押合同（担保合同）。若借款合同中约定由借款人所在地法院管辖，而抵押合同未约定管辖，则当发生纠纷时，乙可以一并起诉甲和丙，此时应由借款人所在地法院管辖。若乙仅起诉丙要求实现抵押权，则应根据抵押合同来确定管辖法院（若抵押合同未约定管辖，则可能根据法律规定由抵押物所在地法院管辖）。
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