公司罚款1000元在一定条件下确实可以通过劳动仲裁解决，但具体能否仲裁需结合罚款的性质、依据及法律规定综合判断。以下从法律依据、可仲裁情形、仲裁流程及注意事项四个方面为您详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬、工伤医疗费等发生的争议属于劳动仲裁范围。罚款作为用人单位对劳动者的经济处罚，若涉及克扣工资或违反法定程序，可能构成劳动争议。这意味着，如果公司罚款行为存在不合理或违法之处，劳动者有权通过劳动仲裁维护自身合法权益。

二、可申请劳动仲裁的情形

1. 罚款缺乏制度依据：

   • 用人单位未通过民主程序制定罚款制度，或制度内容违反法律法规（如设定过高罚款金额）。
   • 示例：若公司临时决定对迟到员工罚款500元/次，但未写入规章制度且未经职工代表大会讨论，此类罚款可能缺乏合法性。

2. 罚款性质实为克扣工资：

   • 罚款直接从工资中扣除，导致实际收入低于当地最低工资标准。
   • 数据参考：若某地月最低工资为2300元，罚款后实发工资不足此数额，则涉嫌违法。

3. 罚款程序违法：

   • 未告知劳动者罚款事由、未提供申诉渠道，或未出具书面通知。
   • 案例：若公司以“工作失误”为由口头通知罚款，拒绝提供书面说明及证据，此类罚款程序可能违法。

4. 罚款与违纪行为不匹配：

   • 处罚程度明显过重，违背公平原则。
   • 示例：若员工因轻微工作失误被扣除当月全部绩效奖金，此类罚款可能不合理。

三、劳动仲裁流程

1. 提交书面申请：

   • 向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交申请书，列明申请人信息、被申请人名称、仲裁请求及事实理由。

2. 准备证据材料：

   • 包括劳动合同、工资条、罚款通知单、公司规章制度文本、沟通记录（如邮件、录音）等能证明罚款违法的证据。

3. 参与庭审辩论：

   • 在仲裁庭陈述主张，质证对方证据，就罚款合法性进行辩论。需注意遵守举证期限和庭审纪律。

四、注意事项

1. 时效要求：

   • 应在知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，逾期可能丧失仲裁权利。

2. 优先协商：

   • 在申请仲裁前，可尝试通过工会或职工代表与公司协商，部分争议可能在仲裁前达成和解。

3. 法律救济衔接：

   • 对仲裁结果不服的，可自收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，继续维护自身权益。

针对您的情况，如果公司罚款1000元缺乏合法依据、程序违法或与违纪行为不匹配，您完全有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请前，请务必收集好相关证据材料，并仔细了解仲裁流程和注意事项，以确保您的权益得到有效维护。