检察院在证人询问后发现违法行为构不成犯罪的，通常会根据具体情况作出以下处理：

1. 不立案或撤销案件
   若违法行为尚未达到刑事立案标准（如情节显著轻微、危害不大），检察院会依据《刑事诉讼法》第16条、第177条，作出不立案决定（侦查阶段）或撤销案件（审查起诉阶段）。例如，轻微故意伤害未达轻伤标准，或盗窃金额未达刑事追诉标准时，检察院会终止刑事程序。

2. 移送行政机关处理
   若违法行为虽不构成犯罪，但违反《治安管理处罚法》《行政处罚法》等行政法规，检察院会依据《刑事诉讼法》第177条第3款，将案件移送公安机关或相关行政机关，由其作出行政处罚（如罚款、拘留、吊销执照等）。例如，非法经营未达刑事立案标准，但需行政机关处罚的，会启动行政程序。

3. 教育、训诫或建议整改
   对情节轻微、社会危害性小的行为，检察院可能通过口头训诫、书面告诫或向相关单位发出检察建议，督促行为人改正错误或完善管理。例如，企业因管理疏漏导致轻微污染，检察院可建议其加强环保措施，避免再次违法。

4. 特殊情形：附条件不起诉（针对未成年人）
   若涉案人为未成年人，且符合《刑事诉讼法》第282条条件（如初犯、偶犯、认罪悔罪、可能判处一年有期徒刑以下刑罚），检察院可作出附条件不起诉决定，设置6个月至1年的考验期。考验期内若未成年人遵守规定（如接受矫治教育、完成公益劳动），检察院将最终不起诉；否则将提起公诉。

法律依据与程序说明：

• 检察院的上述处理均需严格遵循法定程序，例如撤销案件需经检察长或检察委员会批准，移送行政案件需制作《移送案件通知书》并附证据材料。
  
• 若行为人对行政处罚不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但此环节与检察院的刑事程序无关。

温馨提示：
若您或他人涉及类似情况，建议保留相关证据（如询问笔录、行政处罚决定书等），并随时向我咨询具体法律应对方案。我会结合案件细节，为您提供更精准的分析与建议。