针对您提出的“事实不清证据不足的刑事案件到检察院后会如何处理”的问题，以下是根据相关法律规定和司法实践给出的详细解答：
首先，当刑事案件事实不清、证据不足时，检察院会根据其所处的诉讼阶段以及案件的具体情况来作出相应的处理决定。
一、审查起诉阶段的处理
在审查起诉阶段，如果检察院认为案件事实不清、证据不足，它可以采取以下几种措施：
退回公安机关补充侦查：检察院可以要求公安机关进一步补充证据，以查明案件事实。补充侦查的次数一般不超过两次，每次补充侦查的期限通常为一个月。经过补充侦查后，如果案件仍然事实不清、证据不足，检察院将依法作出不起诉决定。
自行侦查：在某些情况下，检察院也可以选择自行进行侦查，以收集更多的证据来支持案件的起诉。如果经过自行侦查，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，它同样会作出不起诉决定。
二、不起诉决定的作出
如果案件经过两次补充侦查或者检察院自行侦查后，仍然事实不清、证据不足，检察院将依法作出不起诉决定。这意味着检察院认为根据现有的证据无法证明被告人有罪，因此不会将案件起诉至法院进行审判。一旦作出不起诉决定，案件实际上就相当于被撤案，被告人将不再受到刑事追究。
三、特殊情况的说明
需要注意的是，虽然检察院在审查起诉阶段可以作出不起诉决定，但在某些特殊情况下，如案件涉及国家安全、恐怖活动等严重犯罪时，检察院可能会根据法律规定和司法实践的需要，采取更为谨慎和严格的审查措施。
综上所述，对于事实不清、证据不足的刑事案件，检察院在审查起诉阶段会根据具体情况采取退回公安机关补充侦查、自行侦查或者作出不起诉决定等措施。这些措施旨在确保案件的公正处理，保障当事人的合法权益，并维护社会的公平和正义。